蛋白质的电荷不为整数问题

0703114邓

蛋白质有部分缺失，不影响和小分子的相互作用，没有修补，但用gromacs做动力学时中和电荷这一步时，由于蛋白质的电荷不为整数，没办法完全中和，往下不能进行，请教大神给予帮助。谢谢！

kkshaxqd

电荷数是多少？如果是-4.99999999直接加5个na离子就行了呗。

0703114邓

kkshaxqd 发表于 2013-10-25 16:28

                               
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电荷数是多少？如果是-4.99999999直接加5个na离子就行了呗。

是-8.25，加8个钠离子不能完全中和

墨竹晓风

如果缺失的是头尾，那么没关系。如果是中间段，那么还是要补齐残基的。否则动力学会将蛋白结构跑散

leos

你的体系的top文件的电荷有问题，是不是有配体？因为氨基酸本身一般不会有这种0.25的电荷差异，所以还是找到0.25的电荷差异在哪里出现的，然后进一步进行模拟~~

0703114邓

leos 发表于 2013-10-28 17:06

                               
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你的体系的top文件的电荷有问题，是不是有配体？因为氨基酸本身一般不会有这种0.25的电荷差异，所以还是找 ...

嗯，最后将中间缺失部分补全，电荷就为-4了，可以往下进行了，非常感谢！

北京2013

0703114邓 发表于 2013-11-6 16:18

                               
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嗯，最后将中间缺失部分补全，电荷就为-4了，可以往下进行了，非常感谢！ ...

前辈，请问你是怎样补全中间的缺失部分的？一定得补吗？
本人新手，还望指点，万分感谢！

0703114邓

北京2013 发表于 2014-5-29 08:25

                               
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前辈，请问你是怎样补全中间的缺失部分的？一定得补吗？
本人新手，还望指点，万分感谢！ ...

我最后用DS修补了中间缺失的loop区，两端没有修补，之后电荷变为整数，往下就可以进行了

北京2013

0703114邓 发表于 2014-5-29 09:37

                               
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我最后用DS修补了中间缺失的loop区，两端没有修补，之后电荷变为整数，往下就可以进行了 ...

谢谢您的回复，DS我也是刚刚接触，请问是用tools--Build and Edit Protein --choose Builtd Action 这一部分来一个一个的添加吗？比如说我的蛋白缺失了66、67、68号残基，我把它们逐个的连接到65号后面，那怎样才能把最后加上的68与69号残基连接上呢？这样的结构在空间上合理吗？（或者您是使用的其它方法？）
不好意思，问的问题很没技术含量，但自己一直在探索，希望前辈可以耐心解答，谢谢的n次方！

0703114邓

北京2013 发表于 2014-5-29 20:57

                               
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谢谢您的回复，DS我也是刚刚接触，请问是用tools--Build and Edit Protein --choose Builtd Action 这一 ...

当时别人帮我修复的，具体的我也不太会，你找找教程看看