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[AMBER] Amber的动力学参数iwrap=1

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发表于 2013-10-14 16:55:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好!我用amber软件跑了100ns的动力学模拟,采用周期性边界条件,显性水溶剂模型,之前没有在输入文件中加入iwrap=1这个参数,跑到50ns的时候断掉!此时最后一帧构象中有的原子坐标为“****”,导致下一步不能读取.rst文件。加了iwrap=1这个命令后,可以跑完100ns,但是提取最后一帧构象发现,原来的蛋白构象(二聚体)跑散了!!!其中的配体也远离蛋白!!请问一下,这是怎么回事??这个问题该如何解决??急死人啊!!跑了很多天才跑完,无语了。。。。。
 楼主| 发表于 2013-10-15 09:29:32 | 显示全部楼层
没人知道吗???
 楼主| 发表于 2013-10-18 09:42:37 | 显示全部楼层

谢谢你的解答!我认为你说得是对的,但是MD时加了iwrap=1后,对于我这个轨迹仍然需要image。
发表于 2013-10-22 20:38:45 | 显示全部楼层
去除PBC,居中即可
发表于 2013-12-28 13:41:54 | 显示全部楼层
Babyblue 发表于 2013-10-22 20:38
去除PBC,居中即可

楼主以及版主你们好,我同样遇到了这个问题,在延长计算的时候,上一帧的rst文件无法读取,请问这种情况下该如何处理这个rst文件呢?怎么对rst文件进行矫正?
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