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[AMBER] AMBER的平均结构

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发表于 2013-10-3 16:10:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好!Amber跑完动力学以后,我取最后10ns轨迹的平均结构,受体蛋白石正常的,小分子的空间结构怎么这么乱了(如图)??(PS:最后一帧的构象也正常)
average.png
发表于 2013-10-4 00:46:10 | 显示全部楼层
平均结构嘛,乱了正常,你可以自己再优化一下试试
发表于 2013-10-4 08:52:05 | 显示全部楼层
平均结构抽出来本来相对来说就比较乱一点,用这个结构,继续用MM优化一下就可以了
 楼主| 发表于 2013-10-4 10:30:26 | 显示全部楼层
发表于 2013-10-6 10:47:49 | 显示全部楼层
因为平均结构是取得这段轨迹中每一个原子的平均坐标。这段时间中小分子的C,H之类的原子波动厉害的话,一算平均值就会和其他稳定的原子发生错位,所以就显得小分子很乱了
 楼主| 发表于 2013-10-7 09:51:36 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-10-6 10:47
因为平均结构是取得这段轨迹中每一个原子的平均坐标。这段时间中小分子的C,H之类的原子波动厉害的话,一算 ...

哦,谢谢!!那该怎么处理呢?我看别人的文章中很多都用平均结构作示意图的,我这个肯定不行啊!楼上的说再次进行分子力学能量优化,可以这样做吗?
发表于 2013-10-7 22:41:35 | 显示全部楼层
fenzimoni 发表于 2013-10-7 09:51
哦,谢谢!!那该怎么处理呢?我看别人的文章中很多都用平均结构作示意图的,我这个肯定不行啊!楼上的说 ...

在做个MM优化也许可以,但是不确定。你要想好万一审稿人问为什么要再次优化。可试下只提取最低能量构象出来看看。
 楼主| 发表于 2013-10-8 09:43:35 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2013-10-7 22:41
在做个MM优化也许可以,但是不确定。你要想好万一审稿人问为什么要再次优化。可试下只提取最低能量构象出 ...

好的,谢谢!!实在不行我就提取最后一帧构象来作示意图了。
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