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查看: 6908|回复: 5

[Gromacs] gromacs该怎样跑小分子和蛋白共价结合复合物

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发表于 2013-9-13 10:27:09 | 显示全部楼层 |阅读模式

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目前想接解决的问题有以下几个,
1、小分子和蛋白的top文件的准备应该如何进行?用什么程序或软件?
2、top准备完成之后应该怎样合并用于gromacs
3、如果含有金属离子,又该怎样处理,只是对金属离子constrain吗?
发表于 2013-9-13 10:33:01 | 显示全部楼层
1.小分子itp、gro 文件可以通过prodrg、ATB生成;2.建议你google 搜索 enzyme-complex 有这个教程的,上面介绍很详细;

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发表于 2013-9-14 13:13:04 | 显示全部楼层

对于gromos力场,虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp 2221–2235:《Practical Considerations for Building GROMOS-Compatible Small-Molecule Topologies》
发表于 2013-9-14 13:20:17 | 显示全部楼层
川大-小王 发表于 2013-9-14 13:13
对于gromos力场,虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp ...

那你可以采用高斯拟合,得到电荷信息也是可以的啊
发表于 2014-1-2 14:26:30 | 显示全部楼层
川大-小王 发表于 2013-9-14 13:13
对于gromos力场,虽然教程说用prodrg,但却涉及到电荷的修改----J. Chem. Inf. Model., 2010, 50 (12), pp ...

第三个问题,关于金属离子的怎么处理?例如钙离子?谢谢回复
发表于 2014-1-18 06:25:16 | 显示全部楼层
hi  你的第三条有金属离子是怎么解决的呀~谢谢咩
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