战友们，双亚基蛋白该怎么建模？

zhuimeng0812

飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链（可以是异源的）蛋白的建模，只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了，前提 ...

我构建了 双亚基，当不coppy辅酶的时候没有问题。只要加上辅酶，就会报错。不知道为什么？

align ali文件：
>P1;1zoy_cd
structureX:1zoy_cd.pdb:   10 :C:+237 : :::-1.00:-1.00
EEMERFWNKNLGSNRPLSPHITIYRWSLP
MAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPG-----NFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNG
IRHLIWDLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM/
SSKAASL
HWTGERVVSVLLLGLLPAAYLN-P--CSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYV--R-GDALQKAAKAGLLALSA
FTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL.*


>P1;cd
sequence:cd:     : :     : ::: 0.00: 0.00
PSAATEILNAQRVKRPSSPHFTIYQPQIT
WIGSIANRITGGVLSGGLYLFALAYLAGPVVGIPVDTAHVVDLVASLPD--WFKYAVKGALGMSFSFHSWNG
IRHLLWDAGRLMTNTAVMRSGYAVIGLSVATTIGLLTW/
SSKAGSH
HWAFERLLSVALVPATVSAFVVSPTAYPVLDGILAVSLVVHSHIGFDSMVVDYLHPRKWPIFGPIIKWTLRLLTT
GTLIGVYQFNTEDVGLSELVRRVWNA.*

报的错误是：
modeller.ModellerError: read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      237      236 For alignment entry:        1  1zoy_cd

请你在繁忙中 知道一二，非常 感谢！

greatzdl

把模板里面的水，或者其他的没有用的het删除掉，氨基酸的数目以及开始和结束一定要在ali文件中写好

blueskily

大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-27 10:24
双亚基是同样的还是不一样的？如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模，如果是不 ...

modeller新手，只会单链模拟，双链怎么模拟？求助呀