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战友们,双亚基蛋白该怎么建模?

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发表于 2012-10-27 10:03:19 | 显示全部楼层 |阅读模式

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RT,我的ATP硫化酶,是两个亚基组成的,建模时候是两个亚基分开建然后再对接?还是把他们的序列连在一起建?我更倾向于前者,但小弟刚入门,不知道蛋白和蛋白该怎么对接,求指点。谢谢啦

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发表于 2015-6-2 15:02:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 zhuimeng0812 于 2015-6-2 15:03 编辑
飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链(可以是异源的)蛋白的建模,只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了,前提 ...


我构建了 双亚基,当不coppy辅酶的时候没有问题。只要加上辅酶,就会报错。不知道为什么?

align ali文件:
>P1;1zoy_cd
structureX:1zoy_cd.pdb:   10 :C:+237 : :::-1.00:-1.00
EEMERFWNKNLGSNRPLSPHITIYRWSLP
MAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLPG-----NFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNG
IRHLIWDLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM/
SSKAASL
HWTGERVVSVLLLGLLPAAYLN-P--CSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYV--R-GDALQKAAKAGLLALSA
FTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL.*


>P1;cd
sequence:cd:     : :     : ::: 0.00: 0.00
PSAATEILNAQRVKRPSSPHFTIYQPQIT
WIGSIANRITGGVLSGGLYLFALAYLAGPVVGIPVDTAHVVDLVASLPD--WFKYAVKGALGMSFSFHSWNG
IRHLLWDAGRLMTNTAVMRSGYAVIGLSVATTIGLLTW/
SSKAGSH
HWAFERLLSVALVPATVSAFVVSPTAYPVLDGILAVSLVVHSHIGFDSMVVDYLHPRKWPIFGPIIKWTLRLLTT
GTLIGVYQFNTEDVGLSELVRRVWNA.*

报的错误是:
modeller.ModellerError: read_te_290E> Number of residues in the alignment and  pdb files are different:      237      236 For alignment entry:        1  1zoy_cd

请你在繁忙中 知道一二,非常 感谢!
发表于 2016-4-10 16:13:48 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2012-10-27 10:24
双亚基是同样的还是不一样的?如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模,如果是不 ...

modeller新手,只会单链模拟,双链怎么模拟?求助呀
发表于 2015-5-20 19:38:19 | 显示全部楼层


我模拟的2条链 不对称,结果报错。你做出来了吗,希望能指点一下!谢谢!

发表于 2012-10-27 10:24:39 | 显示全部楼层
双亚基是同样的还是不一样的?如果是同样的貌似用siwss-model或者modeller都可以实现多聚体建模,如果是不一样的,可能需要分别模建再对接到一起,后者的话可以用hex试试,把问题再描述的明白一些~我们再讨论!哈哈
 楼主| 发表于 2012-10-27 10:56:28 | 显示全部楼层

谢谢阿里哥!是不一样的亚基,好的,我刚开始接触,还在摸索中。
 楼主| 发表于 2012-10-28 14:22:18 | 显示全部楼层
mnuseagoing 发表于 2012-10-27 22:58
应该都建好,再对接。

谢谢希哥!目前还不会怎么让两个不一样的亚基对接上
发表于 2012-10-28 21:18:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 飞毛腿 于 2012-10-28 21:20 编辑

modeller可以直接进行多条链(可以是异源的)蛋白的建模,只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了,前提是要有模板

详细的过程见modeller manual
http://www.salilab.org/modeller/manual/node28.html
 楼主| 发表于 2012-10-29 00:00:32 | 显示全部楼层
飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链(可以是异源的)蛋白的建模,只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了,前提 ...

谢谢!明天试试
 楼主| 发表于 2012-10-29 00:00:36 | 显示全部楼层
飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链(可以是异源的)蛋白的建模,只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了,前提 ...

谢谢!明天试试
 楼主| 发表于 2012-10-29 00:00:46 | 显示全部楼层
飞毛腿 发表于 2012-10-28 21:18
modeller可以直接进行多条链(可以是异源的)蛋白的建模,只需要在比对文件中链与链之间加"/"就行了,前提 ...

谢谢!明天试试
发表于 2012-12-29 10:25:45 | 显示全部楼层
后来我不用modeller,用ds就可以构建双亚基(当然,ds没版权,嘿嘿)
1可以分别建两个亚基,然后利用ds有一个protocol,叫叠合supormise。可以制定一个模板叠合上去,然后保存
2ds有一个功能叫插入gap。你可以试试。自动断开双链。

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