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[Gromacs] Gromacx 中 atomtype c3 not found

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发表于 2013-8-30 19:57:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

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小分子力场有amber中的antechamber生成。
top文件和坐标文件手动整合后,
editconf -f 4HTB_processed.gro -o newbox.gro -bt cubic -d 1.0

genbox -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p 4HTB.top -o solv.gro

grompp -f em.mdp -c solv.gro -p 4HTB.top -o ions.tpr

之后就会出现:
fatal error:
atomtype c3 not found。
我从网上找的解决方案也行不通。
现附上附件,还请帮忙解决,看看是哪的错。
蛋白top表头.jpg 蛋白top表头 蛋白top表尾.jpg 蛋白top表尾
小分子itp文件表头.jpg 小分子itp文件表头 小分子itp文件表尾.jpg 小分子itp文件表尾



4htb1.rar

127.58 KB, 下载次数: 8

所用文件

发表于 2013-8-30 23:25:12 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 金币

你这里的4HTB.top就不对
 楼主| 发表于 2013-8-31 10:54:27 | 显示全部楼层
发表于 2013-8-31 11:49:59 | 显示全部楼层
枫叶苏 发表于 2013-8-31 10:54
哪个地方?请指教

应该是你的初始结构中原子的命名有问题,因此找不到该原子类型,你看看你的文件是自己构建或者下载的,还是直接复制别人的那个坐标。
 楼主| 发表于 2013-8-31 13:40:56 | 显示全部楼层
桂理工-gypsy 发表于 2013-8-31 11:49
应该是你的初始结构中原子的命名有问题,因此找不到该原子类型,你看看你的文件是自己构建或者下载的,还 ...

下载的pdb文件
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