蛋白质的修补—patch

whl2dxl

  PSFGEN模块只能按照力场文件（例如：top_all27......._na.inp）中定义的残基结构对肽链进行处理，但是我们处理的肽链中往往存在端位封端，二硫桥，环肽，肽链被修饰以及蛋白质不同的质子化形态等特殊状态，这就需要用到“PATCH”。正常情况下使用PSFGEN对残基进行处理时，都是用到前述力场文件中以RESI为开头的定义。而PATCH则是调用以PRES开头的定义。
而patch后面跟的PATCH TYPE就是PRESE后面紧跟的那个名称，下面以HIS 和HEME的链接为例说明一下，
对于HIS和HEME的链接，在力场文件top_all27_prot_lipid_na.inp中被命名为PHEM，具体形式如下所示：
PRES PHEM         0.00 ! Patch for HEME to His link.
                                     ! Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME.
DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND
BOND 1NE2 2FE  
ANGLE 1CD2 1NE2 2FE  1CE1 1NE2 2FE  1NE2 2FE 2NA  1NE2 2FE 2NB  
ANGLE 1NE2 2FE  2NC  1NE2 2FE  2ND  
IC 1CD2 1NE2 2FE  2NA   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
IC 1CD2 1NE2 2FE  2NB   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
IC 1CD2 1NE2 2FE  2NB   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
IC 1CD2 1NE2 2FE  2NB   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
IC 1CE1 1NE2 2FE  2NA   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000
一定注意阅读力场中字数不多的说明，“Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME”。下面需要做的
就是明确需要链接的残基的segid和resid，操作命令如下：
patch PHEM segid1:resid1  regid2:resid2（注意按照top中给出的顺序）
OK！HIS 和 HEME链接成功！（当然是没有什么意外的时候）
还有一个就是从namd error上找到一个EMT和HEME链接的PRES，在这里留一个备份：
PRES PHMS  0.0    ! Patch residues must be 1-MET, 2-HEME.
BOND 1SD  2FE
ANGL 1CE  1SD  2FE    1CG  1SD  2FE
ANGL 1SD  2FE  2NA    1SD  2FE  2NB    1SD  2FE  2NC    1SD  2FE  2ND
-----*--------*-------*-------*--------*--------*--------*---------*----------*----------*-----------*----------*----------*--------
当然他的作用远不止这些，bay_gulf618前辈在论坛上对于N端封端和LINK等使用做了比较全面的论述，链接为：http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-1.html