分子对接中确定活性位点的方法

0703114邓 · 发表于 2012-10-29 09:15:12

学习了

北京-构效 · 发表于 2012-10-30 11:11:16

活性位点的确定能否完全靠实验方法得到，这样是不是更可靠？
如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点，这个配体扩张法有多大可靠性？

天理-小新 · 发表于 2012-11-2 08:30:07

活性位点完全用实验方法得到，我想花费的精力和时间，是可想而知的，那要做出受体配体复合物的晶体衍射或核磁等。
配体扩张法，是有文献支持的。

pesticide_ccnu · 发表于 2012-11-9 17:07:40

学习了，谢谢

天理-小新 · 发表于 2013-2-17 10:44:16

中科院-石头发表于 2012-10-27 11:14

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LZ的建议很全面和实用啊，另外，如果要对接的蛋白有多个晶体解析出来，那如何选取呢，我现在用的方法比较简 ...

对于对接的蛋白有多个已经解析的晶体，也可以采用fitted对接程序，它可以利用多个晶体pdb文件来构建受体模型。

霁风 · 发表于 2013-7-31 14:31:00

谢谢分享宝贵经验！学习了。

逗点猪 · 发表于 2013-11-12 18:59:39

请问蛋白和短肽对接有什么软件或是在线服务器？

天理-小新 · 发表于 2013-11-13 10:12:50

本帖最后由天理-小新于 2013-11-13 10:17 编辑

看你的断肽有多大了，软件的话有ZDOCK（学术免费http://zdock.umassmed.edu/software/）以及Hex（免费）可以做蛋白-蛋白对接(http://ppi.fli-leibniz.de/jcb_ppi_software.html#softwarePPD)，服务器的话，你可以看看这个http://www.proteindocking.com/web? 以及http://vakser.bioinformatics.ku.edu/resources/gramm/grammx/ 或者直接goole 输入 Protein Docking 等搜索。

Cuizhen · 发表于 2014-10-27 18:04:19

做抑制剂和蛋白的对接时，一定要看到有小分子和蛋白的活性位点有结合现象才有意义吗？

天理-小新 · 发表于 2014-10-31 16:48:54

Cuizhen 发表于 2014-10-27 18:04
做抑制剂和蛋白的对接时，一定要看到有小分子和蛋白的活性位点有结合现象才有意义吗？ ...

如果不考虑其他情况下，抑制剂最起码是要对接到活性位点才有意义的。其实除了对接到活性位点外，还要与关键残基形成相互作用。什么事情都有意外，如果你对接到的位点不是orthosteric binding site，而是allosteric binding site，但你得证明是allosteric binding site。此外，使用的软件也不一定适合你的体系，找不到正确的构象也会常常发生。

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