分子对接中确定活性位点的方法

天理-小新

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。
那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法：
1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。
2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。
3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。
4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。
以上方法仅供参考。
5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/
6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比：
1)在PyMOL中,载入两个蛋白
2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对
3) 标记未知活性位点的蛋白残基
4) 保存 比对并标记过的未知活性位点蛋白
以上方法仅供参考。

天理-小新

Cuizhen 发表于 2014-10-27 18:04
做抑制剂和蛋白的对接时，一定要 看到 有小分子和蛋白的活性位点有结合现象才有意义吗？ ...

如果不考虑其他情况下，抑制剂最起码是要对接到活性位点才有意义的。其实除了对接到活性位点外，还要与关键残基形成相互作用。什么事情都有意外，如果你对接到的位点不是orthosteric binding site，而是allosteric binding site，但你得证明是allosteric binding site。此外，使用的软件也不一定适合你的体系，找不到正确的构象也会常常发生。

天理-小新

小红牛啊 发表于 2017-5-9 10:10
请问下，第二种方法有配体受体结构，直接把配体移去，是不是就可以得到一个受体呀？还有以配体为中心，扩大 ...

移去配体，可直接得到受体，但这个受体你要检查活性位点是否有氨基酸侧链丢失或者氨基酸缺失的情况，有的话就补上。扩大的目的是为了活性位点更好的容纳下配体，保证配体在活性位点区域对接时自由选择，也保证了周围氨基酸与配体的亲和力计算。

中大-活性小肽

呵呵……谢谢小新，学习了~

北京-构效

谢谢，学习了

笑容

辛苦了，不错

雨枫

现在的实验用第六种方法找的活性位点，突变后确实有效果

南华-ET

我还知道一个软件 Matapocket2.0        蛋白质结合位点预测
http://projects.biotec.tu-dresden.de/metapocke
可以直接预测结合位点

大工-阿里巴巴

CASTp服务器貌似也可以用于活性口袋的识别~我觉得活性位点的识别准确与否可能还在于你对这个蛋白的了解程度，是不是可以辅助于一些一级序列比对等手段进行分析会更有效果

中科院-石头

LZ的建议很全面和实用啊，另外，如果要对接的蛋白有多个晶体解析出来，那如何选取呢，我现在用的方法比较简单，就是挑具有和我的分子相似配体的蛋白做对接，但是别的情况就很难适用了，我之前看schrodinger教程的时候，上面有提到要把多个蛋白晶体一起调出来，互相比较，但是没有把选取标准说的太详细。你有什么好建议么？

天理-小新

回答关于“对接的蛋白有多个晶体”的问题，如果某一蛋白受体有多个晶体。我们要从中选择那一个比较好呢？具体的选择标准有一下几点：
1、采用解析晶体分辨率较高的
2、观察晶体图的B-因子
3、蛋白和配体的平均B-因子之间的不同
4、配体、受体的电子密度。
5、选择的蛋白受体的来源与研究的生物体一致
6、选择残基（特别是活性位点）完整，分辨率高的蛋白受体。
7、选择结合位点，温度系数较低的蛋白受体。
8、选择配体物与蛋白形成复合物的蛋白，最好配体的构想、结构构像与研究的小分子类似。

中科院-石头

天理-小新 发表于 2012-10-28 12:53

                               
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回答关于“对接的蛋白有多个晶体”的问题，如果某一蛋白受体有多个晶体。我们要从中选择那一个比较好呢？具 ...

受教了，谢谢~~