Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助！！！

jamesxue

各位前辈：
       当初是巴巴兄带我进的BioMS，前辈们对我都特别照顾，感谢BioMS能给我们这么好的一平台，共同探讨学习！！进来才发现，群里大牛好多，想在这里提些问题，问题有点多，希望各位前辈见谅哈！~~
1、        用perl脚本分析heat.out density.out equil.out时
（http://ambermd.org/tutorials/adv ... /process_mdout.perl），
./process_mdout.pl heat.out density.out equil.out
得到的结果却是Permission Denied？这样没法生成.DENSITY .TEMP .ETOT文件用于xmgr分析了，怎办？
2、        每次运行prod时，都发现run.x运行不了，
（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/files/run.x），这是为何？
无奈只得逐次prod.in输入运行，发现prod1.mdcrd还OK，但从prod2开始就说STOP PMEMD Terminated Abnormally! 看了.out中说，couldn’t find enough velocities in prod1.rst，于是将irest=1 ntx=5修改为irest=0 ntx=1，又说input errors occurred. Terminating executive. 怎办？
无奈下一步只好将heat.mdcrd density.mdcrd equil.mdcrd和prod1.mdcrd汇总，无法得到后面的prod2/3/4.mdcrd一起分析，应该怎样改进才行？
3、        除了xmgr，还有没其它看这些density，temperature，total energy结果的方式？
电脑是Centos的，安装需要很多根文件，但总是装不尽根文件，总是要再装再装，有没简便一点的方案？
4、        计算MM/PBSA和MM/GBSA，内容如下：
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
GB顺利，PB显示为：
Beginning PB calculations with /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy
calculating complex contribution...
CalcError: /opt/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop ras-raf.prmtop!
想问下是何原因PBSA总是不行？？
5、        计算结合自由能能量分解，内容如下：
$ MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
明明我是按结合自由能能量分解的教程输入的，得出来的结果竟还是只有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat！并没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat！而且很奇怪脚本-i并没有输入mmpbsa_pairwise_decomp.in的地方，但教程明明已经详细列出，这是为何？是不是教程有误？
另，还有个小问题，pairwise的.in为啥idecomp=1而不是3或4？而且print_res不应该是n的平方吗，为啥还是n？
6、        不甘心，于是将5改为：
$ MMPBSA.py -O -i mmpbsa_pairwise_decomp.in -o FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd
结果刚算GB时，结果就为：
Beginning GB calculations with /opt/amber12/bin/sander
  calculating complex contribution...
  Error opening unit   30: File "_MMPBSA_dummycomplex.inpcrd" is missing or unreadable               
CalcError: /opt/amber12/bin/sander failed with prmtop ras-raf.prmtop!
不知原因为啥，更别提进一步算PBSA了！！
      最后，谢谢各位前辈的耐心解决，我一定尽快回复，辛苦各位BioMS前辈了！！！
                                                                                      真心渴求学习的菜鸟求助~~~

lzzlzm

问题1 给perl脚本加上可执行权限。chmod 755 process_mdout.pl， 之后应该就可以运行这个脚本了。或者可以输入perl ./process_mdout.pl heat.out density.out equil.out，这样不用可执行权限也ok。
问题2 如果输入的命令对的话，一般不会出这个问题。再好好检查下各个文件吧。如果你在运行过程中重新tleap了，那可能会导致这个问题。建议全部重头做一遍。那个run.x应该是一个mpich2的脚本，一般要用qsub来提交任务。
问题3 各种作图软件都能显示这个结果。比如origin，gnuplot等。在linux下安装xmgr一般需要先装open_motif
问题4-6 mm_pbsa计算推荐先试一下mm_pbsa.pl

jamesxue

自己顶一下，辛苦各位前辈了~~！！

jamesxue

lzzlzm 发表于 2013-4-19 14:53

                               
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问题1 给perl脚本加上可执行权限。chmod 755 process_mdout.pl， 之后应该就可以运行这个脚本了。或者可以 ...

谢谢lzzlzm的热心回复！！！不过最后一句还是没看明白，mm_pbsa.pl，前辈能详细讲解下么~~~
我得出结果仅有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat，并没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat
于是我把教程mmpbsa.in改为mmpbsa_pairwise_decomp.in，结果为： Error opening unit   30: File "_MMPBSA_dummycomplex.inpcrd" is missing or unreadable
还请前辈指教，辛苦lzzlzm前辈了！！！   

lzzlzm

jamesxue 发表于 2013-4-19 16:46

                               
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谢谢lzzlzm的热心回复！！！不过最后一句还是没看明白，mm_pbsa.pl，前辈能详细讲解下么~~~
我得出结果仅 ...

amber里面计算mm_pbsa有两套软件，一套是mm_pbsa.py另一套是mm_pbsa.pl。你试试后面的这个。教程上有使用方法。

N.S.

lzzlzm 发表于 2013-4-21 08:09

                               
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amber里面计算mm_pbsa有两套软件，一套是mm_pbsa.py另一套是mm_pbsa.pl。你试试后面的这个。教程上有使用 ...

我也是遇到了和楼主问题6一样的问题，等我试试mm_pbsa.pl

心如止水-工大

楼主问题解决了吗？我也出现了问题4，好几个月了

coolben

我也遇到了问题5，只有FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat，没有FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat！不过不过不过，MMPBSA.py的进程还在，一直都在，我没有kill掉进程，结果三十多个小时了还是在，而FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat只有一行| Run on Tue Dec 23 16:20:11 2013 ，并且这个文件一直都没有更新！这个怎么回事呢？是不是陷入了死循环？？

岸芷汀兰

问题4：可以在生成的_MMPSBA_ras-raf_gb.mdout.O中结尾处查看其问题到底出在哪里