请问为什么创建的十二面体水盒子中体系不在盒子中央

kulougui · 发表于 2020-9-9 18:50:56

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gromacs学习小白一个，特来请教各位老师。
我创建水盒子用的命令是gmx editconf -f complex.gro -o box.gro -d 0.8 -bt dodecahedron
填充水分子的命令是gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o sol.gro -p topol.top
结果出来的sol.gro文件用pymol查看是下图这个样子：

盒子既不是十二面体，体系也不在盒子中央。请问这是咋回事呀??
如果一开始用-bt cubic的话就没有这个问题，愁死我了。。

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[Gromacs] 请问为什么创建的十二面体水盒子中体系不在盒子中央

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