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[Gromacs] 轨迹的周期边界性问题

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发表于 2020-7-20 09:59:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问各位老师,设置的盒子大小会影响轨迹的正常走向吗?因为看相关资料说分子距边界一般不小于0.85nm,所以为了速度就选择了这个,未处理周期性之前,提取了几帧,发现结构解离很严重,处理之后  正常了些,请问大神们  怎么看这个现象
发表于 2020-7-27 09:43:08 | 显示全部楼层
周期性,就是说超过这个盒子的部分会从另外一边又回到这个盒子。这样可以节省盒子中本身原子的个数,大量节省计算资源。
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