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[Gromacs] Gromacs中断续跑

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发表于 2020-2-5 20:12:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想向各位前辈请教一下,Gromacs在跑MD时,如果不小心中断了,怎么才能让它接着跑起来呢?因为我用的是MobaXteam进行远程操作服务器,MobaXteam如果无操作一段时间,它会中断连接,在设置里面勾选了SSH keepalive还是不行。
发表于 2020-2-7 09:47:41 | 显示全部楼层
假设你之前的tpr运动文件是 md.tpr ,gromacs运行过程中会不间断地生成检查点文件.cpt,这个文件里包含了最后一个检查时间点上系统所有原子的坐标,速度和力等信息。这需要这两个文件就可以续跑
gmx mdrun -s  md.tpr  -cpi  md.cpt  -append
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