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[Gromacs] not found in residue topology database

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式

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      新手刚入门,请教几个基础的问题
看的是李继存老师翻译的 GROMACS教程:蛋⽩质配体复合物 ,按照流程把3HTB.pdb的水和配体除去(保留JZ4配体),然后输入grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb ,将配体从复合物中脱离出来并保存到新的⽂件中,再输入gmx pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc,选择9力场就会报错。原文是这样说的“如果你试图直接⽤ gmx pdb2gmx 处理JZ4的.pdb⽂件, 将会出现致命错误. 只有当构建单元的条⽬出现在相应⼒场的.rtp⽂件中时, gmx pdb2gmx 才能⾃动组装其拓扑. 但对于JZ4配体不是这种情况, 所以我们将分两步来准备体系的拓扑”。请问怎么解决这个问题,如果换成其他配体又该如何构建其相应文件

QQ图片20181205222951.jpg
QQ图片20181205223610.png
发表于 4 天前 | 显示全部楼层
没懂你的意思。按我自己的做法是:先用其他软件(如YASARA或VMD、PYMOL)先将受体和配体分别保存。然后根据你要用什么力场来做小分子的拓扑文件。比如你要用gromos力场的话小分子可以导到某个网站生成(李继存老师的博客有写),如果你要用charmm力场就导到swissparam网页生成拓扑文件。蛋白生成拓扑文件后,把小分子pdb坐标复制粘贴到蛋白的坐标文件(写字板打开复制就好),小分子的力场拓扑数据加到蛋白拓扑文件上。你这个图的问题感觉是配体没有从蛋白分离开。
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