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冬雨寒

      新手刚入门，请教几个基础的问题
看的是李继存老师翻译的 GROMACS教程：蛋⽩质配体复合物 ，按照流程把3HTB.pdb的水和配体除去（保留JZ4配体），然后输入grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb ，将配体从复合物中脱离出来并保存到新的⽂件中，再输入gmx pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc，选择9力场就会报错。原文是这样说的“如果你试图直接⽤ gmx pdb2gmx 处理JZ4的.pdb⽂件, 将会出现致命错误. 只有当构建单元的条⽬出现在相应⼒场的.rtp⽂件中时, gmx pdb2gmx 才能⾃动组装其拓扑. 但对于JZ4配体不是这种情况, 所以我们将分两步来准备体系的拓扑”。请问怎么解决这个问题，如果换成其他配体又该如何构建其相应文件

白杨

没懂你的意思。按我自己的做法是：先用其他软件（如YASARA或VMD、PYMOL）先将受体和配体分别保存。然后根据你要用什么力场来做小分子的拓扑文件。比如你要用gromos力场的话小分子可以导到某个网站生成（李继存老师的博客有写），如果你要用charmm力场就导到swissparam网页生成拓扑文件。蛋白生成拓扑文件后，把小分子pdb坐标复制粘贴到蛋白的坐标文件（写字板打开复制就好），小分子的力场拓扑数据加到蛋白拓扑文件上。你这个图的问题感觉是配体没有从蛋白分离开。