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[提问] NAMD复合物分子动力学菜鸟求助~~!!

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发表于 2013-3-27 01:35:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
5金币
请教各位大侠!
小弟正在学习NAMD做复合物分子动力学,水球和水盒子结果如下,跪求大侠指导~!
水球结果如下:
TCL: Running for 2500 steps
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1202!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 480!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 763!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 471!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
水盒子结果如下:MINIMIZER SLOWLY MOVING 20075 ATOMS WITH BAD CONTACTS DOWNHILL
听了几个大牛建议,把受体断的地方修补了loop,conf中加入了margin=3,但还是跑散了,不知各位大侠有何建议?
小弟发帖不多,银子有限,先谢过各位大侠了!!

发表于 2013-3-28 18:46:06 | 显示全部楼层
看看这个链接对你有帮助吧:http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... 2009-2010/3992.html
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 楼主| 发表于 2013-4-19 02:04:06 | 显示全部楼层
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发表于 2013-7-16 10:10:18 | 显示全部楼层
把你的文件贴出来啊?不然怎么帮你解决。
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发表于 2014-9-17 09:50:09 | 显示全部楼层
周期性边界条件给的对吗?wrapall这个选项开了?
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