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[AMBER] Amber和MM/PBSA计算结合自由能

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发表于 2013-2-23 11:33:00 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近安装了Amber10,是新手,不太懂,按照官网的教程运行到了TUTORIAL 3 - SECTION 2:有一个
run.x
#SDSC Teragrid PBS Script#PBS -j oe#PBS -l nodes=48:ppn=2#PBS -l walltime=12:00:00#PBS -q dque#PBS -V#PBS -M name@email.com#PBS -A account_no#PBS -N run_pmemd_96cd /gpfs/projects/prod/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod1.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c equil.rst -r prod1.rst -x prod1.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod2.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod1.rst -r prod2.rst -x prod2.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod3.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod2.rst -r prod3.rst -x prod3.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod4.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod3.rst -r prod4.rst -x prod4.mdcrdgzip -9 prod*.mdcrd
这些是什么东西,我理解的是一个脚本语言,但是这个貌似牵涉到一个PBS,我不懂这个是什么东西,恳请群里的懂得的高手指点一下,在这里先谢谢大家了!~
 楼主| 发表于 2013-2-24 11:33:45 | 显示全部楼层
此问题已经解决,谢谢群里的好友们的帮助!
发表于 2013-4-19 02:11:26 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2013-4-19 16:30:02 | 显示全部楼层
jamesxue 发表于 2013-4-19 02:11
这些PBS是啥?前辈能给讲讲吗?

这个好像是在一个大型集群的计算机上面运行的,我当时用不着,后来就没有怎么研究了!希望能帮到你
发表于 2013-4-19 16:40:30 | 显示全部楼层
jerrysky2011 发表于 2013-4-19 16:31
这个好像是在一个大型集群的计算机上面运行的,我当时用不着,后来就没有怎么研究了!希望能帮到你 ...

好的,jerrysky前辈!因为我也在学习MM/PBSA,在坛子里提了点问题,尤其是能量分解部分(问题4-6),前辈能指点一二么~~~~以下是链接:辛苦jerrysky前辈了!!
http://www.bioms.org/thread-538-1-1.html
发表于 2013-8-27 16:41:16 | 显示全部楼层
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