助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出（z轴方向...

轻剑飞扬

大家好：

我在使用Gromacs模拟蛋白在固体表面的吸附时，使用二维周期性边界条件（pbc=xy）,在z方向使用了两面墙（nwall=2)。

1. 想请问nwall=2时，wall_atomtype怎样选取？（只要是力场中已有的原子类型就行，还是要根据自己体系选？）

2. wall_density值的设定有没有什么依据？（要根据wall_atomtype确定大小么？要根据什么设到多大才能形成密实的墙？）

3. 使用如下参数时，几个水分子从z轴方向跑出。有人提到可能是wall_density值不合理没有形成密实的墙，但尝试增大wall_density值后还是有水跑出。也尝试了不同的 wall_r_linpot值。
    pbc        =         xy
   ewald_geometry    = 3dc
   nwall        = 2
   wall_type    = 9-3
   wall_r_linpot    = 2
   wall_atomtype   = C C         (所使用的力场文件中的C）
   wall_density    = 150 150
   wall_ewald_zfac    = 3

3. 如果蛋白和表面一起可以使用pbc=xy加水模拟，但单独的蛋白只能在pbc=xyz或pbc=xy加真空的时候可以运行，在pbc=xy加水的时候不能运行（lost Particles error)。单独的蛋白有没有可能使用pbc=xy加水条件？

这是尝试对别人文献体系的重复，文献中使用了pbc=xy，特别想知道别人可以模拟成功，而我的上方盒子（Z轴方向）为什么会有几个水跑出来？单独蛋白体系到底行不行？有没有人遇到过相似情况？非常期待高手解答，先谢谢了