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[Gromacs] 助Gromacs pbc=xy nwall=2时几个水分子从上面的墙跑出(z轴方向...

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发表于 2018-5-16 14:12:07 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好:

我在使用Gromacs模拟蛋白在固体表面的吸附时,使用二维周期性边界条件(pbc=xy),在z方向使用了两面墙(nwall=2)。

1. 想请问nwall=2时,wall_atomtype怎样选取?(只要是力场中已有的原子类型就行,还是要根据自己体系选?)

2. wall_density值的设定有没有什么依据?(要根据wall_atomtype确定大小么?要根据什么设到多大才能形成密实的墙?)

3. 使用如下参数时,几个水分子从z轴方向跑出。有人提到可能是wall_density值不合理没有形成密实的墙,但尝试增大wall_density值后还是有水跑出。也尝试了不同的 wall_r_linpot值。
    pbc        =         xy
   ewald_geometry    = 3dc
   nwall        = 2
   wall_type    = 9-3
   wall_r_linpot    = 2
   wall_atomtype   = C C         (所使用的力场文件中的C)
   wall_density    = 150 150
   wall_ewald_zfac    = 3

3. 如果蛋白和表面一起可以使用pbc=xy加水模拟,但单独的蛋白只能在pbc=xyz或pbc=xy加真空的时候可以运行,在pbc=xy加水的时候不能运行(lost Particles error)。单独的蛋白有没有可能使用pbc=xy加水条件?

这是尝试对别人文献体系的重复,文献中使用了pbc=xy,特别想知道别人可以模拟成功,而我的上方盒子(Z轴方向)为什么会有几个水跑出来?单独蛋白体系到底行不行?有没有人遇到过相似情况?非常期待高手解答,先谢谢了
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