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查看: 319|回复: 4

[AutoDock&Vina] autodock对接血红蛋白与氧气分子

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发表于 2018-4-18 11:22:32 | 显示全部楼层 |阅读模式

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尝试对接了4次,但都失败了,氧气并没有接上血红素,而且Fe周围的3个键全部断了
在保存pdbqt文件时系统提示4个FE no charge
论坛里是说要在AD4.1_bound.dat中加入金属离子参数
所以求助一下,加金属离子参数应该怎么做
求助一下各位大佬,本人小白刚自学3周
发表于 2018-4-18 17:31:34 | 显示全部楼层
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381     可以参考这篇帖子试试。
 楼主| 发表于 2018-4-23 10:21:41 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2018-4-18 17:31
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381     可以参考这篇帖子试试。

好的谢谢你
 楼主| 发表于 2018-4-24 10:47:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 Rollkin 于 2018-4-24 10:49 编辑

那个我按照您发的的那个帖子试了试几次,也都正常运行没有报错,但是氧还是没有接在血红素的铁上
而且铁周围的键也全断了(我没选球棍结构,中间的FE没有显示),但是位置已经对了,请问一下这个是什么原因
(血红蛋白ID是1HGA,OXY的PDB文件是从www.rcsb.org上下载的)
14.png
发表于 2018-4-26 17:01:34 | 显示全部楼层
Rollkin 发表于 2018-4-24 10:47
那个我按照您发的的那个帖子试了试几次,也都正常运行没有报错,但是氧还是没有接在血红素的铁上
而且铁周 ...

键断了只是图形显示的问题,你可以换下显示的软件,看看结果。
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