autodock对接血红蛋白与氧气分子

Rollkin · 发表于 2018-4-18 11:22:32

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尝试对接了4次，但都失败了，氧气并没有接上血红素，而且Fe周围的3个键全部断了
在保存pdbqt文件时系统提示4个FE no charge
论坛里是说要在AD4.1_bound.dat中加入金属离子参数
所以求助一下，加金属离子参数应该怎么做
求助一下各位大佬，本人小白刚自学3周

川大-灰太狼 · 发表于 2018-4-18 17:31:34

Rollkin · 发表于 2018-4-23 10:21:41

川大-灰太狼发表于 2018-4-18 17:31
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381 可以参考这篇帖子试试。

好的谢谢你

Rollkin · 发表于 2018-4-24 10:47:40

本帖最后由 Rollkin 于 2018-4-24 10:49 编辑

川大-灰太狼发表于 2018-4-18 17:31
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381 可以参考这篇帖子试试。

那个我按照您发的的那个帖子试了试几次，也都正常运行没有报错，但是氧还是没有接在血红素的铁上
而且铁周围的键也全断了（我没选球棍结构，中间的FE没有显示），但是位置已经对了，请问一下这个是什么原因
（血红蛋白ID是1HGA，OXY的PDB文件是从www.rcsb.org上下载的）

川大-灰太狼 · 发表于 2018-4-26 17:01:34

Rollkin 发表于 2018-4-24 10:47
那个我按照您发的的那个帖子试了试几次，也都正常运行没有报错，但是氧还是没有接在血红素的铁上
而且铁周 ...

键断了只是图形显示的问题，你可以换下显示的软件，看看结果。

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