计算RMSF

半里格 · 发表于 2017-12-25 22:05:31

大家好！我是namd跑动力学，请问如何计算rmsf呢？

我目前了解的是有两种途径：
1 vmd-extensions-analysis-timeline，可是计算得到的是随时间的变化每个氨基酸rmsf的变化，如何求得在整个动力学过程中每个氨基酸的rmsf呢？
2 用脚本大神能否分享个脚本？

跪求各位说说想法啊！

Gino · 发表于 2018-4-24 22:09:23

在vmd的tk控制台sourcermsf.tcl后再使用下面的这个输出计算结果pro_rmsf top 0 0 1 0 "pro_rmsf.csv" "protein"

xhj · 发表于 2022-10-5 17:41:35

Gino 发表于 2018-4-24 22:09
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我是新手，请教一下这个脚本该怎么用

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