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[其他] 计算RMSF

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发表于 2017-12-25 22:05:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
20金币
大家好!我是namd跑动力学,请问如何计算rmsf呢?

我目前了解的是有两种途径:
1 vmd-extensions-analysis-timeline,可是计算得到的是随时间的变化每个氨基酸rmsf的变化,如何求得在整个动力学过程中每个氨基酸的rmsf呢?
2 用脚本 大神能否分享个脚本?

跪求各位说说想法啊!


发表于 2018-4-24 22:09:23 | 显示全部楼层
在vmd的tk控制台sourcermsf.tcl后再使用下面的这个输出计算结果pro_rmsf top 0 0 1 0 "pro_rmsf.csv" "protein"

rmsf.zip

699 Bytes, 下载次数: 1

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