求助，如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式，谢谢

yuanlinchen · 发表于 2017-12-11 17:20:11

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如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式，谢谢

半里格 · 发表于 2017-12-26 11:44:47

直接可以识别啊，载入的时候把文件类型选为amber coordinates with periodic box就可以了

laoman · 发表于 2017-12-21 21:01:53

amber16默认的轨迹格式就是vmd能支持的netcdf格式，只要把轨迹的mdcrd后缀改成nc就好了。vmd载入轨迹的时候是这样的：vmd topol.pdb md.nc

邙山的鱼 · 发表于 2017-12-12 14:52:43

cpptraj 读进去再读出来就可以了

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[AMBER] 求助，如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式，谢谢