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[提问] 求助,如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式,谢谢

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发表于 2017-12-11 17:20:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如何将amber16的mdcrd转换成VMD识别的格式,谢谢
发表于 2017-12-26 11:44:47 | 显示全部楼层
直接可以识别啊,载入的时候把文件类型选为amber coordinates with periodic box就可以了
发表于 2017-12-21 21:01:53 | 显示全部楼层
amber16默认的轨迹格式就是vmd能支持的netcdf格式,只要把轨迹的mdcrd后缀改成nc就好了。vmd载入轨迹的时候是这样的:vmd topol.pdb md.nc
发表于 2017-12-12 14:52:43 | 显示全部楼层
cpptraj 读进去再读出来就可以了
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