有个小问题。希望大神不吝赐教

无敌帅超 · 发表于 2017-12-6 09:50:15

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本人第一次在校里的计算服务集群上提交任务，计算gaussian。我在自己的windows电脑上用gaussview画了一个分子，并且生成了gif文件，然后在集群上利用LFS作业调度系统提交作业，但是最后显示：ntrex1: Bad file descriptor。很奇怪，什么叫错误的文件描述？该怎么改正？最后贴上我的提交作业的脚本。

#!/bin/sh
#BSUB -q fat
#BSUB -n 14
#BSUB -R "span[hosts=1]"
#BSUB -cwd .
#BSUB -e %1.err
#BSUB -o %1.out
JOBNAME=`basename "$1" .com`
export g09root=/gpfs/soft/g09/g09D
export GAUSS_SCRDIR=/gpfs/users_home/hy608/ils #这里要自己设定一个tmp文件
export GAUSS_EXEDIR=/gpfs/soft/g09/g09D
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/gpfs/soft/g09/g09D
hash -r
cd /gpfs/users_home/hy608/gaussian/ils #gjf文件所在的路径
/gpfs/soft/g09/g09D/g09 < 1.gjf > 1.log

复制代码

viger87 · 发表于 2017-12-8 10:44:22

你可以构建一个小分子在你电脑上试试，如果如果可以再放到服务器上。确定一下是输入文件有问题还是提交的排队命令有问题

邙山的鱼 · 发表于 2017-12-28 13:55:01

可能是windows和linux之间的格式问题，你用一下dos2unix *.gjf再教一下作业

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