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[提问] sander.MPI并行运算速度慢

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发表于 2017-11-18 16:07:07 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问各位老师,使用AmberTools14软件跑动力学,蛋白有473个残基,加上水盒后有91654个原子,sander.MPI加速,32个核并行,感觉跑的特别慢,一天只能跑约1.5ns,请问这样的速度正常么?如果不正常,是我安装还是什么地方出了问题?

发表于 2017-11-22 14:39:27 | 显示全部楼层
这个速度挺正常的...
 楼主| 发表于 2017-11-22 20:10:22 | 显示全部楼层
邙山的鱼 发表于 2017-11-22 14:39
这个速度挺正常的...

sander模块真的不是一般的慢。。。。
发表于 2017-11-23 09:36:20 | 显示全部楼层
半里格 发表于 2017-11-22 20:10
sander模块真的不是一般的慢。。。。

原子数太多...蛋白要是太长的话,水就会太多,不如截掉一些,加上约束试试...
发表于 4 天前 | 显示全部楼层
要么减少原子或者参数,要么上GPU加速
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