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[Gromacs] ITP Adjuster 1.0

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发表于 2013-1-10 15:09:16 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在用Gromac跑蛋白配体复合物时,配体小分子的itp文件常常需要用到PRODRG Server生成,得到的itp文件还需要进行优化,参考ITP Adjuster 1.0: A New Utility Program to Adjust Charges in the Topology Files Generated by the PRODRG Server,可以利用ITP Adjuster 1.0来优化所得到的itp文件的电荷,现已从作者那儿要到该软件,有兴趣的同志们走起~

Itp Adjuster.rar

890.63 KB, 下载次数: 67

reference.pdf

694.47 KB, 下载次数: 65

评分

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发表于 2013-1-10 15:30:19 | 显示全部楼层
搬个凳子学习,
发表于 2013-1-10 19:32:48 | 显示全部楼层
海洋威武!哈哈~最近木有时间研究,希望能有时间我们几个一起来好好学习!哈哈
发表于 2014-8-9 22:59:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 zhangmao511 于 2014-8-9 23:01 编辑

你好,看到你的ITP Adjuster 1.0贴子,ITP Adjuster你用了有报错吗?我用了之后报错,看着好像是高斯计算.out文件的错误,但是不知道哪错了,计算的时候是选“energy”那一项吧?


QQ图片20140809225608.jpg
 楼主| 发表于 2014-8-11 05:48:36 | 显示全部楼层

可以参考下教程哈,另外路径中不能有中文~
 楼主| 发表于 2014-8-11 05:48:39 | 显示全部楼层
zhangmao511 发表于 2014-8-9 22:59
你好,看到你的ITP Adjuster 1.0贴子,ITP Adjuster你用了有报错吗?我用了之后报错,看着好像是高斯计算.o ...

可以参考下教程哈,另外路径中不能有中文~
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