自由能的计算

gaowenmei · 发表于 2013-1-4 20:46:58

大家有没有做过这个练习，用Gromacs计算自由能的，http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/Free-Energy_Course/0.introduction.html
如果有人计算过，想问下您算的计算值与所给实验值吻合吗？

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-5 09:34:54

没试过，能提供文献吗？先看看别人用的情况如何

gaowenmei · 发表于 2013-1-5 10:29:46

墨竹晓风发表于 2013-1-5 09:34

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没试过，能提供文献吗？先看看别人用的情况如何

这个仅仅是个练习 wiki上的

jerrysky2011 · 发表于 2013-1-5 10:50:51

请问你用过么？这个我看到过，但是感觉很复杂，而且貌似也不是很靠谱

gaowenmei · 发表于 2013-1-5 11:05:03

jerrysky2011 发表于 2013-1-5 10:50

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请问你用过么？这个我看到过，但是感觉很复杂，而且貌似也不是很靠谱

是复杂但是算自由能非常靠谱我最近在用但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对所以想看看大家有没有做过的

jerrysky2011 · 发表于 2013-1-8 09:28:17

gaowenmei 发表于 2013-1-5 11:05

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是复杂但是算自由能非常靠谱我最近在用但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对所 ...

你好，方便加个好友么？1011491246，想跟你讨论相关的问题

jerrysky2011 · 发表于 2013-1-8 15:32:59

gaowenmei 发表于 2013-1-5 11:05

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是复杂但是算自由能非常靠谱我最近在用但是算的结果比实验值小几kJ/mol。不太确定自己做的对不对所 ...

你是计算体系的总体能量吗，这个有些缺陷的，计算的能量不是自由能

gaowenmei · 发表于 2013-1-9 08:54:33

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 09:28

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你好，方便加个好友么？1011491246，想跟你讨论相关的问题

方便不过这讨论其实也挺好嘿

gaowenmei · 发表于 2013-1-9 08:58:13

jerrysky2011 发表于 2013-1-8 15:32

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你是计算体系的总体能量吗，这个有些缺陷的，计算的能量不是自由能

要计算的是蛋白质与小分子的结合能很多文献都采用类似的方法计算自由能啊这个只是初步的练习验证下自己实际操作过程是否正确

墨竹晓风 · 发表于 2013-1-9 09:11:25

gaowenmei 发表于 2013-1-9 08:58

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要计算的是蛋白质与小分子的结合能很多文献都采用类似的方法计算自由能啊这个只是初步的练习验证下自 ...

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