生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 619|回复: 1

[AMBER] 用amber中的MMPBSA算二聚体结合能的问题

[复制链接]
回帖奖励 10 金币 回复本帖可获得 2 金币奖励! 每人限 1 次
发表于 2017-9-18 10:27:50 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
求助大神呀
我用MMMPBSA算两个蛋白之间,残基数一共大概600个,算出来的结果特别奇怪,静电势能ele是正值,总的能量是正值,我看了其他人算类似二聚体的,总的能量是负值啊,开始以为是轨迹的原因,后来算了晶体结构的还是一样的,总能量算出来仍然是正的,但是我算蛋白和配体的结合能算出来就是负的,是我方法的问题还是体系的原因啊?下面是我用的参数文件mmpbsa.in和结果文件

Input file for running PB and GB
&general
  interval=10, verbose=1, entropy=0,
/
&gb
  igb=5,
/
&decomp
  idecomp=2, dec_verbose=3,
/


命令 MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex.prmtop -sp solvate.prmtop -rp A.prmtop -lp B.prmtop -y sol.mdcrd
是我参数设置的不对吗


结果
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component            Average              Std. Dev.   Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                    -55.6315                7.5478              0.2386
EEL                       1250.3490               62.3724              1.9714
EGB                      -1181.2273               59.0828              1.8674
ESURF                       -6.9060                1.0412              0.0329

DELTA G gas               1194.7175               65.4441              2.0685
DELTA G solv             -1188.1334               58.6355              1.8533

DELTA TOTAL                  6.5841               10.1234              0.3200


-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

mmpbsa.in

mmpbsa.in

结果

结果
发表于 2017-9-27 00:24:15 | 显示全部楼层
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex.prmtop -sp solvate.prmtop -rp A.prmtop -lp B.prmtop -y sol.mdcrd

这里面-sp 后面的top文件是不包括水和离子的top
-cp 是包括水和离子的top文件
如果你的输入文件是对的话,那么结果的结合自由能是6.58也不是没有可能
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-6-26 01:33 , Processed in 0.174241 second(s), 32 queries .

Powered by Discuz! X3.3

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表