AMBER 做轨迹氢键分析的输入文件及简单介绍

墨竹晓风

1. AMBER官网分析H键教程+一些说明
   
2. 1.先将mdcrd的轨迹文件格式转为binpos格式，这样计算会快一些，而且可以将多个mdcrd合并为一个binpos文件。in文件：
   
3. 
   
4. -----------------------------------------
   
5. mdcrd_to_binpos.ptraj                                                                                
   
6. trajin equil1.mdcrd
   
7. trajin equil2.mdcrd
   
8. trajin equil3.mdcrd
   
9. trajin equil4.mdcrd
   
10. trajin equil5.mdcrd
    
11. trajin equil6.mdcrd
    
12. trajin equil7.mdcrd
    
13. trajin equil8.mdcrd
    
14. trajin equil9.mdcrd
    
15. trajin equil10.mdcrd
    
16. 
    
17. trajout equil_1-10.binpos binpos
    
18. --------------------------------------------------------------------
    
19. 
    
20. 终端：
    
21. 
    
22.            
    
23.     >$AMBERHOME/bin/ptraj com_wat.prmtop <mdcrd_to_binpos.ptraj >mdcrd_to_binpos.out
    
24. 
    
25.     2.分析H键，输入文件analyse_hbond.ptraj如下：
    
26. 
    
27.     ------------------------------------------------------------------
    
28.     trajin equil_1-10.binpos
    
29. 
    
30. #-- Donors from standard amino acids（标准残基中H的给体）
    
31. donor mask :GLN@OE1
    
32. donor mask :GLN@NE2
    
33. donor mask :ASN@OD1
    
34. donor mask :ASN@ND2
    
35. donor mask :TYR@OH
    
36. donor mask :ASP@OD1
    
37. donor mask :ASP@OD2
    
38. donor mask :GLU@OE1
    
39. donor mask :GLU@OE2
    
40. donor mask :SER@OG
    
41. donor mask :THR@OG1
    
42. donor mask :HIS@ND1
    
43. donor mask :HIE@ND1
    
44. donor mask :HID@NE2
    
45. 
    
46. #-- Acceptors from standard amino acids （标准残基中H的受体）
    
47. acceptor mask  :ASN@ND2 :ASN@HD21
    
48. acceptor mask  :ASN@ND2 :ASN@HD22
    
49. acceptor mask  :TYR@OH  :TYR@HH
    
50. acceptor mask  :GLN@NE2 :GLN@HE21
    
51. acceptor mask  :GLN@NE2 :GLN@HE22
    
52. acceptor mask  :TRP@NE1 :TRP@HE1
    
53. acceptor mask  :LYS@NZ  :LYS@HZ1
    
54. acceptor mask  :LYS@NZ  :LYS@HZ2
    
55. acceptor mask  :LYS@NZ  :LYS@HZ3
    
56. acceptor mask  :SER@OG  :SER@HG
    
57. acceptor mask  :THR@OG1 :THR@HG1
    
58. acceptor mask  :ARG@NH2 :ARG@HH21
    
59. acceptor mask  :ARG@NH2 :ARG@HH22
    
60. acceptor mask  :ARG@NH1 :ARG@HH11
    
61. acceptor mask  :ARG@NH1 :ARG@HH12
    
62. acceptor mask  :ARG@NE  :ARG@HE
    
63. acceptor mask  :HIS@NE2 :HIS@HE2
    
64. acceptor mask  :HIE@NE2 :HIE@HE2
    
65. acceptor mask  :HID@ND1 :HID@HD1
    
66. acceptor mask  :HIP@ND1,NE2 :HIP@HE2,HD1
    
67. 
    
68. #-- Backbone donors and acceptors for this particular molecule
    
69. #   N-H for prolines do not exist so are not in the mask（脯胺酸 Proline 需要排除，下面红字的地方就是需要修改PRO之后的残基）
    
70. #  
    
71. donor mask @O
    
72. acceptor mask  :2-11,13-16,20@N :2-20@H
    
73. #Terminal residues have different atom names （N端和C端的残基会改变名字，因此需要指定为OXT）
    
74. donor mask @OXT
    
75. acceptor mask :1@N :1@H1
    
76. acceptor mask :1@N :1@H2
    
77. acceptor mask :1@N :1@H3
    
78. 
    
79. #-- series hbt is just a placeholder to ensure we get the full analysis. If you don't
    
80. #have the word series you don't get a full analysis. （计算出现5%以上的H键）
    
81. hbond print .05 series hbt
    
82. ----------------------------------------------------------------------------
    
83.     终端：
    
84. 
    
85.                
    
86.         >$AMBERHOME/bin/ptraj com_wat.prmtop <analyse_hbond.ptraj >analyse_hbond.out
    
87. 
    
88.         3.结果分析
    
89.         出来的结果是这样的
    
90.                 DONOR         ACCEPTORH      ACCEPTOR  atom# :res@atom   atom# :res@atom atom# :res@atom %occupied  distance       angle              lifetime maxocc|   197  :12@O   |   228   :16@H     227   :16@N   |  25.83  2.871 ( 0.08)  22.38 (12.37)      2.2 (  1.9)     30 |   oooo-..|
    
91. 
    
92.         给体-H-受体， 原子号-残基号-原子。 oooo-x分别表示
    
93. 
    
94.           Dumping schematic of time series after each h-bond, key follows:   |          .       -       o      x      *      @    |      0-5%   5-20%  20-40%  40-60% 60-80% 80-95% 95-100% occupancy
    
95. 
    

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Milestone

我去，超级有用资源，感谢楼主分享！{:soso_e163:}

zilvbu

正在学习呢，拜读一下

考拉猪

还是不怎么看得懂，但是真是好帖子啊，找了很久关于氢键分析的资料，不知道楼主在不在，能不能教教我

考拉猪

考拉猪 发表于 2014-3-14 20:43

                               
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还是不怎么看得懂，但是真是好帖子啊，找了很久关于氢键分析的资料，不知道楼主在不在，能不能教教我:lovel ...

我刚学amber不久，还不是很会哦

这里的供体受体序号  到底怎么对应改的呢

墨竹晓风

考拉猪 发表于 2014-3-14 20:57

                               
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我刚学amber不久，还不是很会哦

这里的供体受体序号  到底怎么对应改的呢

最近忙于写文章，所以不太能及时回复，见谅。
可以先看看AMBER官网的分析教程。http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section6.htm。从头看，详看 6.1.3) Hydrogen Bonding Analysis。我这个只是analyse_hbond.ptraj分析脚本的一个说明，需要配合计算命令来执行的