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[Gromacs] Gromacs是否能用于计算配体中的基团与蛋白之间的能量?

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发表于 2017-9-11 18:07:06 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想用Gromacs计算色胺里面的吲哚环与蛋白之间的能量,建立了吲哚环的组然后进行下一步出现fatal error:两个处在同一个电荷组(色胺)的原子处在两个能量组(色胺和吲哚环)。我想到的解决办法是删除色胺这个组,但是好像必须要建立一个色胺-蛋白的组,这样一来色胺里面吲哚环以外的原子就会在色胺-蛋白这个组,吲哚环的原子在吲哚环这个组,这是错误的。根据我的理解Gromacs无法计算配体的基团与蛋白之间的能量。求大神解答Gromacs是否能用于计算配体中的基团与蛋白之间的能量?如果能,请告诉我如何操作。如果不能,请问什么软件能做这个计算?Amber?非常感谢!!!
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