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[AMBER] Amber不识别CL Created a new atom named: CL1

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发表于 2017-7-22 11:58:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请问:
用amber的antechamber生成带有氯原子的小分子立场参数文件,但是在tleap时,错误说
Created a new atom named: CL1 within residue: .R<2GE 201>
Created a new atom named: CL2 within residue: .R<2GE 201>
  Added missing heavy atom: .R<2GE 201>.A<Cl2 31>
  Added missing heavy atom: .R<2GE 201>.A<Cl1 29>
可是我的pdb文件明明有cl,为什么还要报错说缺少原子cl?

附我的蛋白文件
HETATM   12  CL1 2GE A   1      -4.926  77.491  15.581  1.00 32.59          CL  
HETATM   13  C11 2GE A   1      -2.339  77.117  14.760  1.00 22.11           C  
HETATM   14  CL2 2GE A   1      -1.874  77.872  16.254  1.00 25.05          CL
发表于 2017-8-7 10:44:48 | 显示全部楼层
大小写问题吧
发表于 2017-8-8 21:19:06 | 显示全部楼层
你可以具体看看amber tutorial中小分子的处理
 楼主| 发表于 2017-8-10 11:29:23 | 显示全部楼层

谢谢提醒~可是我改成小写之后,发现是可以运行程序生成参数了,但是在视图软件中打开仍然显示为碳原子,这样不会影响后续的运行么?
 楼主| 发表于 2017-8-10 11:30:36 | 显示全部楼层
1836184913 发表于 2017-8-8 21:19
你可以具体看看amber tutorial中小分子的处理

谢谢~ 我看了amber的turorial,还是出现这个问题
发表于 2017-8-11 21:47:29 | 显示全部楼层
半里格 发表于 2017-8-10 11:29
谢谢提醒~可是我改成小写之后,发现是可以运行程序生成参数了,但是在视图软件中打开仍然显示为碳原子, ...

mol2文件?中间指认原子类型的一列可能没有写对,仔细检查一下,有时候文件格式转来转去就会有问题。
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