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[AMBER] 二聚体MD之后rmsd异常,可能是显示了镜像,怎么还原回正常

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发表于 2017-6-6 09:39:05 | 显示全部楼层 |阅读模式

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求助大神,Amber跑二聚体的MD,分析他的RMSD,显示从5突增到30,初步分析可能是在md条件下,最后轨迹显示的是镜像,造成显示出来的二聚体相隔很远,请问有办法可以使这种镜像还原回去吗还是我的条件设置不正确,下面是我MD的输入文件
vt-continue
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=250000000,dt=0.002,
  ntc=2,ntf=2,ig=-1,
  cut=10.0, ntb=1, ntp=0,
  ntpr=1000, ntwx=1000,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=310.0,ioutfm=1,iwrap=1,

/

求大神指导呀
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