python脚本获取vina虚选log文件score数值。

phenylazide

上午我看了作者“数据挖掘“ 写的原创 文章：[原创] vina 虚拟筛选log文件的分析的脚本，他用的是perl写的脚本
但是我自己运行了下他的代码，一直出现错误，从来没有成功过，另外尝试了下想看懂perl，但感觉比较难，难以下手去改。后来发现有两种方便的方法可以调出结果。
第一种： 在linux下面使用强大的grep命令。
---------------------------
~$ grep "   1         -" */*log.txt每个ligand的第一个pose结果就全出来了：
例如我得到结果如下：
result_3K5K/A366_3K5Klog.txt:   1         -7.6      0.000      0.000
result_3K5K/asc_17_3K5Klog.txt:   1         -7.7      0.000      0.000
result_3K5K/asc_21_3K5Klog.txt:   1         -7.4      0.000      0.000
result_3K5K/BIX01294_3K5Klog.txt:   1         -7.8      0.000      0.000
result_3K5K/UNC0224_ChemDraw_3K5Klog.txt:   1         -7.4      0.000      0.000
result_3K5K/UNC0638_3K5Klog.txt:   1         -7.4      0.000      0.000
。。。
。。。
此处略去无数行

如果增加tee命令：


~$ grep "   1         -" */*log.txt | tee -a result_first_pose.txt
则所有上述显示的结果  会全部写 result_first_pose.txt

如果在将新建excel，选择数据>自文本
再选择刚才的文本文件 result_first_pose.txt > 分隔符号 > 空格 > 下一步 >完成

结果就全写了excel表格了。呵呵。

result_3K5K/A366_3K5Klog.txt:	1	-7.6	0	0
result_3K5K/asc_17_3K5Klog.txt:	1	-7.7	0	0
result_3K5K/asc_21_3K5Klog.txt:	1	-7.4	0	0
result_3K5K/BIX01294_3K5Klog.txt:	1	-7.8	0	0
result_3K5K/UNC0224_ChemDraw_3K5Klog.txt:	1	-7.4	0	0
result_3K5K/UNC0638_3K5Klog.txt:	1	-7.4	0	0

。。。
此处略去无数行


#说明：  grep "   1         -"  中的引号内容 克根据需要 采用正则表达式
--------------------------------------------------------------

第二种：使用以下python代码的方式。

调出所有化合物中最优pose的能量，自己瞎尝试，编了个Python的脚本。代码也较简单，但效果也不错，速度也不慢。5000个log文件在一分钟内也都搞定了。

代码很简单，如下：
---------------------------------------------------------------
import sys,os
import glob


os.chdir("D:\\vina_log_fetch\\result_all_log")  #进入log文件所在的目录
for file in glob.glob("*.txt"):
        try:
                f = open(file,'r+')
                lines = f.readlines()[24:26]   ##读取第25,26行的内容，log文件一般总共34行，但所要的一般在第25行，所以f.readlines()[24]
               ##但有些log文件 print 结果是-----+------------+----------+----------  所有用了个if语句，取下一行。
                if lines[0].startswith('-----+'):
                        print(file, "     ,",lines[1])
                else:
                        print(file, "     ,", lines[0])
        except:


                print(file,"     ,", "read failure")
                pass
"""
用法和注意事项：


1. 请在第四行（即os.chdir那行的括号里面），修改vina log文件的存储的位置，注意使用双反斜杠 \\，不然会出错。我使用的是windows系统，批量log文件在windows的实际位置是：D:\vina_log_fetch\logFiles。 vina_fetch_top_score.py存放在D:\vina_log_fetch  目录下。


2. 在cmd下，cd进入D:\vina_log_fetch目录（即vina_fetch_top_score.py所在的目录），敲击以下命令：
python vina_fetch_top_score.py > vina_top_score_list.txt
所有的top1的score和文件即可获得，结果存在vina_top_score_list.txt。
同样采用上述excel，数据>自文本的方式，可以获得excel表格
"""
-------------------------------------------------以下是python文件，使用时请产出.doc后缀。

phenylazide

以下是py文件，使用时把.doc后缀去掉

Cao921210

我做出的结果为什么会空一行？谢谢啦