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[AMBER] 小分子配体-蛋白-膜体系的结合自由能计算

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发表于 2017-5-3 10:31:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我做了一个小分子配体-蛋白-膜体系的分子动力学模拟,需要算一下结合自由能,我计算的时候用的是MM/GBSA, 溶质介电常数为2,溶剂介电常数为80。投稿后,评审说我应该考虑多相体系(membrane protein + membrane + water solvent), 不知有没有大神算过这类的结合自由能呀?或者用其他方法计算,请各位大神赐教,非常感谢
发表于 2017-5-8 13:25:58 | 显示全部楼层
ambertools 17  新增计算膜蛋白mmpbsa
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