QM/MM metadynamic时出现的问题

梁咪兔 · 发表于 2017-2-20 03:24:26

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做 QM/MM metadynamic的时候,历史偏向势只加在特定的键之间,可是跑着跑着,那些没有加历史偏向势的键也跑断了(QM区的方法是PM6)，整个ＱＭ区原子的拓扑全被弄乱, 但是如果不做metadynamic，只做普通的ＱＭ/ＭＭ/ＭＤ，则在ＭＤ期间，不会出现ＱＭ区原子能够维持正确的拓扑。

请问，如何解决这个问题呀？

梁咪兔 · 发表于 2017-2-20 09:25:32

最后一句改为：　ＱＭ区原子能够维持正确的拓扑。

梁咪兔 · 发表于 2017-2-20 09:50:56

反应是，ＮＡＤＨ的氢负离子转移，按理说，除了Ｃ４位上的氢，不应该出现其它地方键的断裂。

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