生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 212|回复: 3

[提问] 请问ligand处理时无法检测root,choose torsions报错

[复制链接]
发表于 2016-12-28 14:42:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
大家好
        我用ZINC上下载的mol2格式,用chem3D转的pdb格式的tetradotoxin作为配体,
Autodock在处理TTX时,检测root与choose torsions会报错,内容为
Traceback (most recent call last):
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 2389, in doit
    mol.LPO.autoroot()
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 929, in autoroot
    self.RBM.autoroot()
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 2139, in autoroot
    if not b.leaf:
AttributeError: Bond instance has no attribute 'leaf'




Traceback (most recent call last):
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 1374, in doit
    mol.LPO.write(filename)
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 888, in write
    self.writer.write(mol, outputfilename)
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in write
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\tree.py", line 622, in get
    result = filter(selectionString, self.data)
  File "F:\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in <lambda>
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'

请问可能是分子结构的问题嘛?用示例的hsg1与Ind可以顺利做到对接完,但换成自己要做的pdb就有很多问题
系统为win7 32位,谢谢!!
 楼主| 发表于 2016-12-29 09:03:53 | 显示全部楼层
请问计算到最后,analysis-dockings-show interactions,报错为
ValueError: dimensions too large.
该怎么修改才能继续呢
 楼主| 发表于 2017-1-3 18:58:29 | 显示全部楼层
后续用pymol做了
发表于 2017-1-25 12:25:23 | 显示全部楼层
autodock 打开ligand时可以选择mol2格式打开,试一下这样会不会报错?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2017-7-22 04:50 , Processed in 0.145970 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表