如何从小分子库得到片段库

张倩倩 · 发表于 2016-12-9 15:49:31

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现有zinc数据库小分子，请问有什么方法可以把这些小分子打成片段形成一个新的片段库呢

川大-灰太狼 · 发表于 2016-12-9 18:12:53

可以试试Recore，德国BiosovleIT公司的软件。https://www.biosolveit.de/software/FBLD.html 基于结构的药物设计，可申请试用。

张倩倩 · 发表于 2016-12-27 21:34:47

非常感谢

小萌物 · 发表于 2016-12-29 10:19:55

本帖最后由小萌物于 2016-12-29 10:26 编辑

   如果你会点编程，可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM（http://www.biochem-caflisch.uzh.ch/download/）等免费软件，歪果仁已经做得很好了。
   这有一篇有关片段切割的文献，你自己可以去看看了解一下片段切割的算法：Degen J, Wegscheidgerlach C, Zaliani A, et al. On the art of compiling and using 'drug-like' chemical fragment spaces.[J]. ChemMedChem, 2008, 3(10):1503-7. DOI: 10.1002/cmdc.200800178。
   商业软件还是有很多可以做片段库的，比如ChemAxon的Fragmenter，Openeye的 OEMedChem Toolkit 等。还有群里面赵老师做的LeFrag也是很不错的http://www.lephar.com/software.htm。我看过赵老师文章里面片段的切割和描述算法，感觉是不错的（参考文献Zhao H, Dong J, Lafleur K, et al. Discovery of a Novel Chemotypeof Tyrosine KinaseInhibitors by Fragment-Based Docking and Molecular Dynamics[J]. Acs Medicinal Chemistry Letters, 2012, 3(3):834-8. DOI:10.1021/ml500355x）。

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图1. LeFrag的示意图

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图2. OpenEye的片段切割示意图

这个问题我以前也问过各位大神，可以去这里看看：http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=2349&extra=

张倩倩 · 发表于 2017-2-6 17:56:17

小萌物发表于 2016-12-29 10:19
如果你会点编程，可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM（http://w ...

多谢多谢

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