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[药物设计] 如何从小分子库得到片段库

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发表于 2016-12-9 15:49:31 | 显示全部楼层 |阅读模式

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现有zinc数据库小分子,请问有什么方法可以把这些小分子打成片段形成一个新的片段库呢
发表于 2016-12-9 18:12:53 | 显示全部楼层
可以试试Recore,德国BiosovleIT公司的软件。https://www.biosolveit.de/software/FBLD.html  基于结构的药物设计,可申请试用。
发表于 2016-12-29 10:19:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 小萌物 于 2016-12-29 10:26 编辑

     如果你会点编程,可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM(http://www.biochem-caflisch.uzh.ch/download/)等免费软件,歪果仁已经做得很好了。
     这有一篇有关片段切割的文献,你自己可以去看看了解一下片段切割的算法:Degen J, Wegscheidgerlach C, Zaliani A, et al. On the art of compiling and using 'drug-like' chemical fragment spaces.[J]. ChemMedChem, 2008, 3(10):1503-7. DOI: 10.1002/cmdc.200800178。
     商业软件还是有很多可以做片段库的,比如ChemAxon的Fragmenter,Openeye的 OEMedChem Toolkit 等。还有群里面赵老师做的LeFrag也是很不错的http://www.lephar.com/software.htm。我看过赵老师文章里面片段的切割和描述算法,感觉是不错的(参考文献Zhao H, Dong J, Lafleur K, et al. Discovery of a Novel Chemotypeof Tyrosine KinaseInhibitors by Fragment-Based Docking and Molecular Dynamics[J]. Acs Medicinal Chemistry Letters, 2012, 3(3):834-8. DOI:10.1021/ml500355x)。

                               
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图1. LeFrag的示意图


                               
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图2. OpenEye的片段切割示意图
    这个问题我以前也问过各位大神,可以去这里看看:http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=2349&extra=




 楼主| 发表于 2017-2-6 17:56:17 | 显示全部楼层
小萌物 发表于 2016-12-29 10:19
如果你会点编程,可以用免费的开源软件RDKIT、CDK ToolKit等来切片段。还有molblocks、DAIM(http://w ...

多谢多谢
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