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[药物设计] 请问有哪些软件可以用于化合物片段获取

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发表于 2016-4-6 12:45:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
50金币
    大家好,请问有哪些软件可以用于化合物片段的获取,最好是开源(Open source)免费的软件,最好是切出的片段更加符合药物设计的思想,谢谢!    希望能简单介绍一下这些软件的算法和相关文章就更好了,非常感谢!

化合物片段切割示例

化合物片段切割示例



发表于 2016-4-6 13:02:02 | 显示全部楼层
免费的:DAIM(3d) molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件  免费的 非常快  识别mol2文件 http://www.biochem-caflisch.uzh.ch/download/
处理方式是将单键切开 这样就一定程度上考虑了可和成性
生成的碎片原来的连接点有标记 图中那种暴力的切割方式是木有的

另外 ZINC库(商品化碎片)和Elea3d(FAD药物切割得到碎片)网站提供了已经切割好的碎片结构文件

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 楼主| 发表于 2016-4-12 15:15:46 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的:DAIM(3d) molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件  免费的 非常快  识别mol2文件  ...

谢谢,我发现DAIM和molblock需要在linux下运行,不太会,赵老师的lefrag也是要在linux运行的。我准备用recap算法,很多软件好像都有用到这个。molblock好像是这个算法。
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发表于 2016-4-27 20:15:47 | 显示全部楼层
利用各个破解软件也可以啊,比如说薛定谔可以好好的挑挑不同大小方式的片段啊

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发表于 2016-4-27 21:46:33 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的:DAIM(3d) molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件  免费的 非常快  识别mol2文件  ...

谢谢分享
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发表于 2016-4-27 21:46:38 | 显示全部楼层
pesticide_ccnu 发表于 2016-4-6 13:02
免费的:DAIM(3d) molblocks(2d) LE-Tool(3d)

我们课题组使用的DAIM软件  免费的 非常快  识别mol2文件  ...

谢谢分享
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发表于 2017-4-5 20:18:46 | 显示全部楼层
学习一下啊,感觉很高深啊
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