Ubuntu下GROMACS的并行安装教程（最新版）

redream

网络上有很多教程教大家安装，但大多有点老旧了，跟不上版本的发展。

在任何类Unix操作系统下安装软件，不外乎如下步骤：
1.  检查依赖包 2. 安装没有的依赖包 3.按说明安装软件，并设置路径

下面就具体介绍安装步骤：

包含，g++编译器，如果你安装user发展的包，可能还要用到gfortran编译器； 并行包，mpi编译器，fftw库等。

1.        我们首先检查下依赖包：在命令行下 用 which命令进行检查是否存在。
执行： which gcc  ;  which g++; which mpirun; which mpic++等。Fftw库要到/usr/include下查看有没有fftw3等相应的头文件。 有了就不需要再次安装，没有就需要先安装上。

2.        假定你上面的依赖包都没有（重复安装无所谓），请顺序执行下面命令： 【这些安装要su root下；LAMMPS安装不需要root权限】
0）  atp-get install  cmake*
a)        apt-get install gcc*
b)        apt-get install g++*
c)        apt-get install mpi-default-*
d)        apt-get install libfftw3*

确保上面的库都安装上，安装过程中可以看到是否已经装上，没有的话，窗口会等待让你输入 yes

完事后， 解压gmx的包进行安装

tar -xvf gromacs-5.1.tar.gz
  cd gromacs-5.1
  mkdir build
  cd build
  cmake ..   -DGMX_SIMD=sse2   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx   -DGMX_MPI=on
  make
  make install

  GMXRC是配置文件，可在bashrc里面加入环境变量  vi .bashrc 然后 source  /路径/gmx/bin/GMXRC  source .bashrc即可

Linux下软件的安装，根本在依赖包的安装和路径的设置，这些搞定，安装不会有障碍。

南海之南

请问路径指的是什么的路径？

南海之南

  cmake ..   -DGMX_SIMD=sse2   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx   -DGMX_MPI=on
请问这条命令中 /路径/ 部分怎么设置