膜模拟之后化学键断了

不会游泳的鱼 · 发表于 2016-11-1 14:37:43

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膜模拟的小分子运行之后提取的轨迹中小分子的化学键断了是怎么回事呢？
图中的绿色是一个分子，现在断成两半了。

qshenlove · 发表于 2017-1-5 16:57:38

我也遇到相同的问题，我的分子膜进过能量优化之后就断了，你的问题解决了吗？

不会游泳的鱼 · 发表于 2017-1-16 13:27:02

qshenlove 发表于 2017-1-5 16:57
我也遇到相同的问题，我的分子膜进过能量优化之后就断了，你的问题解决了吗？ ...

没有，老师说可以DS接上，我没有接过

qshenlove · 发表于 2017-1-16 15:44:32

不会游泳的鱼发表于 2017-1-16 13:27
没有，老师说可以DS接上，我没有接过

那你后面怎么继续的动力学模拟？

ZSF · 发表于 2017-6-6 10:51:46

我以前也有做模拟的时候，体系震动过于剧烈的情况（Amber，蛋白-配体复合物体系，FF99SB力场）。很想知道如何解决。坐等大师回帖。

白杨 · 发表于 2018-4-7 23:50:05

我也试过分子或蛋白断裂，原因可能是周期性边界方面的问题，gromacs手册有关于这方面的内容。

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