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我想模仿gromacs上的charmm力场那样将cmap加入到力场中。但是在定义cmap.itp文件时,发现如果我写了oplsaa自身定义的原子类型,在使用grompp命令生成MD必需文件时会出现致命错误:
Program grompp, VERSION 5.0.7
Source code file: /usr/local/gromacs-5.0.7/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.c, line: 1197
Fatal error:
Unknown atomtype opls_235
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
而此时我的cmap.itp文件是这样写的:
[ cmaptypes ]
;-C N CA C +N
opls_235 opls_238 opls_966 opls_235 opls_238 1 24 24\
-2.29768544 -2.240532 -2.46065224 -3.15733008 -2.84214936 -0.1596196
我认为可能是grompp程序无法识别opls自身定义的原子类型,这里的Opls_235是力场本身定义好的,因为我把一些Opls原子类型换成原来初始的原子类型的时候,它就不会说识别不了了,而那些为更改的opls原子类型仍然说识别不了。
For example :
[ cmaptypes ]
;-C N CA C +N
C N CA opls_235 opls_238 1 24 24\
-2.29768544 -2.240532 -2.46065224 -3.15733008 -2.84214936 -0.1596196
比如上面所示仍然说 unknown atomtype opls_235,
所以我不知道问题出现在哪里,因为charmm力场中的cmap.itp的原子类型是它自身定义的原子类型,而它可以,现在opls不行。 |
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