生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 5400|回复: 0

[Gromacs] 如何让实现在gromacs上将cmap能量项加到oplsaa力场中

[复制链接]
发表于 2016-9-28 20:29:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
我想模仿gromacs上的charmm力场那样将cmap加入到力场中。但是在定义cmap.itp文件时,发现如果我写了oplsaa自身定义的原子类型,在使用grompp命令生成MD必需文件时会出现致命错误:
Program grompp, VERSION 5.0.7
Source code file: /usr/local/gromacs-5.0.7/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.c, line: 1197

Fatal error:
Unknown atomtype opls_235

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

而此时我的cmap.itp文件是这样写的:
[ cmaptypes ]
;-C N CA C +N
opls_235 opls_238 opls_966 opls_235 opls_238 1 24 24\
-2.29768544 -2.240532 -2.46065224 -3.15733008 -2.84214936 -0.1596196

我认为可能是grompp程序无法识别opls自身定义的原子类型,这里的Opls_235是力场本身定义好的,因为我把一些Opls原子类型换成原来初始的原子类型的时候,它就不会说识别不了了,而那些为更改的opls原子类型仍然说识别不了。
For example :
[ cmaptypes ]
;-C N CA C +N
C N CA opls_235 opls_238 1 24 24\
-2.29768544 -2.240532 -2.46065224 -3.15733008 -2.84214936 -0.1596196

比如上面所示仍然说 unknown atomtype opls_235,
所以我不知道问题出现在哪里,因为charmm力场中的cmap.itp的原子类型是它自身定义的原子类型,而它可以,现在opls不行。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-11-19 20:45 , Processed in 0.050934 second(s), 20 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表