小分子pdb文件怎样知道坐标对应的分子结构?

时光过客 · 发表于 2016-9-16 12:39:26

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求大神赐教！
我想做小分子和蛋白的复合物gromacs模拟，能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？能做的话怎样查到pdb文件坐标对应的结构呢？
这是我的小分子pdb文件，初来乍到，求指教！
REMARK This PDB file was created by CS Chem3D.
HETATM 1  O UNN    0    0.143  -0.087 0.051                   O
HETATM 2  O UNN    0    3.490 1.294 0.121                   O
HETATM 3  O UNN    0    -0.494 4.692 0.136                   O
HETATM 4  O UNN    0    1.895 3.637 0.146                   O
HETATM 5  O UNN    0    -4.232 1.742 0.030                   O
HETATM 6  O UNN    0    5.405  -2.237 1.476                   O
HETATM 7  O UNN    0    2.267  -4.365  -1.407                   O
HETATM 8  O UNN    0    4.616  -4.434 0.022                   O
HETATM 9  C UNN    0    -0.117 2.337 0.095                   C
HETATM 10  C UNN    0    1.508 0.082 0.071                   C
HETATM 11  C UNN    0    -0.647 1.041 0.062                   C
HETATM 12  C UNN    0    2.266  -1.020 0.059                   C
HETATM 13  C UNN    0    2.135 1.262 0.103                   C
HETATM 14  C UNN    0    1.373 2.548 0.118                   C
HETATM 15  C UNN    0    -0.991 3.432 0.105                   C
HETATM 16  C UNN    0    -2.028 0.839 0.041                   C
HETATM 17  C UNN    0    1.865  -2.134  -0.678                   C
HETATM 18  C UNN    0    3.457  -1.054 0.784                   C
HETATM 19  C UNN    0    -2.891 1.935 0.051                   C
HETATM 20  C UNN    0    -2.373 3.230 0.083                   C
HETATM 21  C UNN    0    4.248  -2.203 0.772                   C
HETATM 22  C UNN    0    2.656  -3.283  -0.690                   C
HETATM 23  C UNN    0    3.847  -3.318 0.034                   C
HETATM 24  H UNN    0    -2.435  -0.182 0.015                   H
HETATM 25  H UNN    0    0.926  -2.107  -1.250                   H
HETATM 26  H UNN    0    3.773  -0.176 1.366                   H
HETATM 27  H UNN    0    -3.054 4.093 0.091                   H
HETATM 28  H UNN    0    3.812 0.377 0.107                   H
HETATM 29  H UNN    0    -1.244 5.311 0.139                   H
HETATM 30  H UNN    0    -4.397 0.784 0.009                   H
HETATM 31  H UNN    0    5.512  -1.378 1.919                   H
HETATM 32  H UNN    0    2.939  -5.058  -1.293                   H
HETATM 33  H UNN    0    5.395  -4.268 0.579                   H
CONECT 1 10 11
CONECT 2 13 28
CONECT 3 15 29
CONECT 4 14
CONECT 5 19 30
CONECT 6 21 31
CONECT 7 22 32
CONECT 8 23 33
CONECT 9 11 14 15
CONECT 10 1 12 13
CONECT 11 1 9 16
CONECT 12 10 17 18
CONECT 13 2 10 14
CONECT 14 4 9 13
CONECT 15 3 9 20
CONECT 16 11 24 19
CONECT 17 12 25 22
CONECT 18 12 26 21
CONECT 19 5 16 20
CONECT 20 15 19 27
CONECT 21 6 18 23
CONECT 22 7 17 23
CONECT 23 8 21 22
CONECT 24 16
CONECT 25 17
CONECT 26 18
CONECT 27 20
CONECT 28 2
CONECT 29 3
CONECT 30 5
CONECT 31 6
CONECT 32 7
CONECT 33 8
END

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-18 09:21:46

“能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？” 这是什么意思呢？是部分小分子和一个蛋白做分子动力学，还是一个小分子和部分蛋白的结构做分子动力学？

时光过客 · 发表于 2016-9-19 19:29:40

川大-灰太狼发表于 2016-9-18 09:21
“能不能用部分小分子结构和蛋白模拟呢？” 这是什么意思呢？是部分小分子和一个蛋白做分子动力学，还是一 ...

是部分小分子和一个蛋白做动力学模拟

川大-灰太狼 · 发表于 2016-9-20 20:54:15

时光过客发表于 2016-9-19 19:29
是部分小分子和一个蛋白做动力学模拟

这个小分子是什么小分子？为什么要用部分而不全用呢？

时光过客 · 发表于 2016-9-21 15:44:43

川大-灰太狼发表于 2016-9-20 20:54
这个小分子是什么小分子？为什么要用部分而不全用呢？

因为我想试试是不是小分子中特定结构比其他结构作用要大，或者起直接作用

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