gmx隐式溶剂的速度

jimcate · 发表于 2016-8-15 20:45:18

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

为了加快模拟的速度，今天尝试了gmx的隐式溶剂(蛋白有160个残基)，采用非周期性边界条件和无穷大的非键截断半径(rvdw, rcoulomb)。

发现这样计算的速度会非常慢(甚至比使用显式溶剂，常规截断半径的速度要慢)。但是如果设定隐式溶剂的截断半径为有限值并行计算的话会报lincs error？

这样的话隐式溶剂还能起到加速的作用吗？或者我的理解 or 设置有问题？

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[Gromacs] gmx隐式溶剂的速度

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。