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[AutoDock&Vina] 请问这个情况怎么解决,是什么问题,谢谢啦

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发表于 2016-8-2 09:25:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

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前几天发的帖子弄错了,是奖励,不小心变成付费,希望大家原谅.
大家帮我看看这个问题,感激不尽!

希望大家可以帮忙

希望大家可以帮忙
发表于 2016-8-2 17:02:41 | 显示全部楼层

回帖奖励 +10 金币

亲,你也是研究高丝氨酸内酯的课题么?欢迎加qq讨论,1041743697
 楼主| 发表于 2016-8-2 18:02:01 | 显示全部楼层
1041743697 发表于 2016-8-2 17:02
亲,你也是研究高丝氨酸内酯的课题么?欢迎加qq讨论,1041743697

好的,谢谢
发表于 2016-8-2 22:04:59 | 显示全部楼层
你是如何操作的,到了哪一步出了这个问题,无因果前后,就一个图片,所以没有人回答你。请好好描述一下你遇到问题的过程!
 楼主| 发表于 2016-8-3 22:21:00 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-8-2 22:04
你是如何操作的,到了哪一步出了这个问题,无因果前后,就一个图片,所以没有人回答你。请好好描述一下你遇 ...

我就是在结果分析中,按照说明书,Alayize-docking-open,打开dlg文件。然后会有analyze-conformations-load,将对接结果及分子构想载入图形窗口,会出来10个排列的构想,但每次双击这10个当中的任意一个,就会出现我发图那样的错误提示,正常的应该是分子构想可以载入到分子显示窗口,而我的没有。
 楼主| 发表于 2016-8-3 23:38:00 | 显示全部楼层
你好,我还想请教一下,对接成功后,不同位置的配体都与受体有作用位点,怎么去衡量哪一个是较好的,哪一个接下来可以用作实验,binging energy以及其他数据怎么分析。谢谢你了,我是一个刚接触不久的,希望你能指点!谢谢!
发表于 2016-8-5 09:51:34 | 显示全部楼层
时光检索 发表于 2016-8-3 22:21
我就是在结果分析中,按照说明书,Alayize-docking-open,打开dlg文件。然后会有analyze-conformations-load ...

可能的原因:1、软件本身问题,关闭后再打开,再导入结果。2、对接结果的问题,请重新检查后做分子对接,得到完整结果。
发表于 2016-8-5 09:51:50 | 显示全部楼层
时光检索 发表于 2016-8-3 23:38
你好,我还想请教一下,对接成功后,不同位置的配体都与受体有作用位点,怎么去衡量哪一个是较好的,哪一个 ...

判断正确与否,这个需要实践的经验。如果从理论上来说,就是要理解分子间的常见相互作用力!哪些是常见的相互作用力,可以阅读相关的书籍,计算机辅助药物设计的相关书籍,如《药物设计策略》郭宗儒。再则,可以多看晶体结构,去寻找常见的分子间相互作用出现的概率。当你把一个药物结合不同蛋白的结合模式都看明白了,或者当你把一个蛋白与不同药物结合的结合模式看明白了,你就知道哪些是关键的相互作用。内功练成:)
 楼主| 发表于 2016-8-5 20:20:57 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-8-5 09:51
判断正确与否,这个需要实践的经验。如果从理论上来说,就是要理解分子间的常见相互作用力!哪些是常见的 ...

谢谢.太感谢拉!!!!
 楼主| 发表于 2016-8-9 20:40:43 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-8-5 09:51
判断正确与否,这个需要实践的经验。如果从理论上来说,就是要理解分子间的常见相互作用力!哪些是常见的 ...

autodock中,受体中有金属离子,请问参数怎么设置阿,我的有四个zn离子,或是有没有相关的介绍,谢谢啦!
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