求助：怎么建立自己的力场

DemocRonnie · 发表于 2016-7-23 07:51:14

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本帖最后由 DemocRonnie 于 2016-7-23 07:53 编辑

刚接触GROMACS的小白求教各位，

我想建立一个稀有分子被水分子包围的系统，请问该怎么着手设置自己的topology文件呢。

另外我想用自己的SAFT力场，该怎么修改力场文件呢。

十分感谢！！！

最好能加微信：200817784

DemocRonnie · 发表于 2016-7-24 09:00:57

若要是能介绍一下如何建立自己的gro文件，也是感激不尽！！！

wangpengfei · 发表于 2016-7-24 21:16:21

谢邀。添加立场文件不难，安装路径下的gromacs/share/top文件夹下，你仿着别的力场补充即可（谷歌一下是能找到）

wangpengfei · 发表于 2016-7-24 21:16:54

刚才想换行，结果直接发出去了。

wangpengfei · 发表于 2016-7-24 21:18:50

继续说。比如说你可以仿着 grom96的任一力场的文件夹，新建一个文件夹于此处，改名字。同时对比其他力场，缺什么补什么文件。（如果有些文件是相同的可以复制）

wangpengfei · 发表于 2016-7-24 21:20:08

稀有分子被水分子包围的系统。不明白，什么分子，想干什么？有机小分子么，想看其在溶液中的变化？

DemocRonnie · 发表于 2016-7-25 08:17:06

wangpengfei 发表于 2016-7-24 21:20
稀有分子被水分子包围的系统。不明白，什么分子，想干什么？有机小分子么，想看其在溶液中的变化？ ...

无机小分子，想计算一下radial distribution function

wangpengfei · 发表于 2016-7-25 11:15:01

DemocRonnie 发表于 2016-7-25 08:17
无机小分子，想计算一下radial distribution function

构建力场我做过，你谷歌一下再结合我说的，去路径share/gromacs/top里去替换和添加文件即可。

wangpengfei · 发表于 2016-7-25 11:17:22

wangpengfei 发表于 2016-7-25 11:15
构建力场我做过，你谷歌一下再结合我说的，去路径share/gromacs/top里去替换和添加文件即可。 ...

你说的这个无机小分子的计算方法我没接触过，我主要是搞有机药化的。不过推荐一个q群，132266540，李继存老师的群。你所看的中文教程就是他们主持编译的，你去群里问问吧。

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