grompp 运行出错

wangpengfei · 发表于 2016-7-21 23:03:50

wangpengfei 发表于 2016-7-21 22:58
复合溶剂我没做过也不太清楚该怎么做。但是既然你是按照普通的配体-受体体系做的，即使不怎么合适，理应也 ...

你看一下你的1_sol2.gro文件，原子从64开始是不是就变成了尿素了

我是一颗甜柠檬 · 发表于 2016-7-22 09:28:40

是的，但是我已经把尿素的立场文件写入top文件当中去了，是哪里写的不对吗？

wangpengfei · 发表于 2016-7-22 09:54:56

顺序！不是说写进去就行了，顺序很重要，要按顺序来，明白么？

海洋 · 发表于 2016-7-22 20:24:37

check 一下sol.gro 文件中的尿素的名称及数量与top中是否一致

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[Gromacs] grompp 运行出错