求助：关于gromacs分子模拟

时光过客

求助：用Gromacs跑分子模拟,之前做的都是单独蛋白的pdb文件，现在想做蛋白和小分子配体复合物，做之前PDB文件需要怎么处理？？因为在试跑的过程中程序报错。报错提示为Residue 'UNN' not found in residue topology database

wangpengfei

骚年   教程你都看了么？
工欲善其事，必先利其器。
http://jerkwin.github.io/9999/10 ... %E6%95%99%E7%A8%8B/
链接拿好，重点看教程五。
小分子是要预先从pdb里提出来的，gmx是不能直接识别小分子并产生拓扑文件的。

zhangmao511

同上，仔细看GMX官方教程。

时光过客

wangpengfei 发表于 2016-7-7 10:14
骚年   教程你都看了么？
工欲善其事，必先利其器。
http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS%E4%B8%A ...

之前没有做过，只是要尝试一下，问题已经解决，感谢分享链接

DemocRonnie

wangpengfei 发表于 2016-7-7 10:14
骚年   教程你都看了么？
工欲善其事，必先利其器。
http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS%E4%B8%A ...

Hi，pengfei，那如果我想给自己的非生物简单系统重头开始建立gro文件和itp文件，该怎么着手做呢

wangpengfei

DemocRonnie 发表于 2016-7-24 09:53
Hi，pengfei，那如果我想给自己的非生物简单系统重头开始建立gro文件和itp文件，该怎么着手做呢 ...

具体一点，是什么系统呢？

DemocRonnie

wangpengfei 发表于 2016-7-24 21:12
具体一点，是什么系统呢？

1个 OsO4分子被水分子包围的系统，以及OsO4-CO2-H2O的三相系统