生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 5736|回复: 4

[AMBER] 请教:使用AMBER的MMPBSA计算结合自由能的问题

[复制链接]
发表于 2016-7-6 14:40:11 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
请教各位高手,如果蛋白质中存在两个配体,AMBER的MMPBSA能够计算单个配体与蛋白质的结合自由能吗?
发表于 2016-7-12 09:56:30 | 显示全部楼层
zzz888 发表于 2016-7-11 09:50
您好,非常感谢您的回答。我是个新手,您能再麻烦一下给我举个例子,如何删除掉配体呢?非常感谢! ...

没有现成的例子。融会贯通AMBER说明书中,MMPBSA.py章节下,&general namelist variables里面的ligand_mask,receptor_mask,strip_mask字段。

评分

参与人数 1金币 +2 收起 理由
zzz888 + 2 很给力!

查看全部评分

发表于 2016-7-7 16:10:43 | 显示全部楼层
可以,两个配体命名为不同残基名字。在MM/GBSA计算时候,脚本in文件中,删除掉不需要的那个配体就行了。
 楼主| 发表于 2016-7-11 09:50:57 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2016-7-7 16:10
可以,两个配体命名为不同残基名字。在MM/GBSA计算时候,脚本in文件中,删除掉不需要的那个配体就行了。 ...

您好,非常感谢您的回答。我是个新手,您能再麻烦一下给我举个例子,如何删除掉配体呢?非常感谢!
发表于 2016-9-5 20:44:51 | 显示全部楼层
可以分开分割计算啊
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-3-28 20:18 , Processed in 0.096978 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表