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[NAMD] NAMD怎么给PDB文件添加一个酸性环境

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发表于 2016-7-1 16:41:23 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大神,小弟最近因为实验要求,需要补充一些数据,需要用NAMD,做一些不同PH条件下(比如PH为1,3,5,7等)的蛋白质分子动力学模拟,先前实验室一个早已经毕业的师兄做过。看他的论文,是用VMD中的Psfgen加氢的,但是小弟折腾了挺长时间的,还是不会,特意来向大神求助啊。
还有,NAMD默认能量最小化,默认的是共轭梯度法,我看毕业师兄的论文,采用的是最徒下降法和共轭梯度法结合的使用,步骤是:首先限制蛋白质中的重原子,对氢原子、水和抗衡离子进行 5 ps 的能量最小化,然后解除对蛋白质中重原子的限制:对整个系统进行 20 ps 的能量最小化。我想知道大神们都是怎么做的啊。
 楼主| 发表于 2016-7-5 16:56:24 | 显示全部楼层
没有大神吗?小弟初次接触,什么都不会啊
 楼主| 发表于 2016-7-8 22:16:26 | 显示全部楼层
有大神?跪求啊,大神出来吧!!!!
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