对接结果分析

浙医-中药筛选 · 发表于 2012-10-23 09:36:45

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各位大大，附件中三图是对接的结果，请帮忙看看有无问题。分别是对接图、氢键图、还有就是对接的2D图。现有一问题：2D图中ARG L：57作用距离这么远？正常吗？是哪一种作用啊？请知无不言。谢谢

17110209 · 发表于 2016-8-20 14:02:31

您好！这个2D图好漂亮，貌似贝塔折叠在Pymol里显示的很丑，您这是什么显示软件？谢谢

尘寰 · 发表于 2016-12-7 22:37:00

你好，想问下2D图是用什么软件画的呢？

川大-灰太狼 · 发表于 2012-10-23 09:42:45

Arg和苯环形成的是离子π-π相互作用！苯环中心由于四极-四极作用带部分负电荷，Arg电离后中心碳原子带部分正电荷。

大工-阿里巴巴 · 发表于 2012-10-23 09:44:57

恩恩~π-π共轭是远程作用力，盐桥基本是3.6-4A之内，氢键是3.5A之内的相互作用

浙医-中药筛选 · 发表于 2012-10-23 09:46:24

感谢灰太郎，感谢大工-阿里巴巴

大工-阿里巴巴 · 发表于 2012-10-23 09:53:55

给个额外的建议，从群里下载一个ligplus,做出的2D图更为美观，也更为直观

浙医-中药筛选 · 发表于 2012-10-23 10:42:24

哈哈，收到，谢谢

永在追赶 · 发表于 2012-11-7 13:14:26

受教了，跟着学习下。谢谢

木瓜 · 发表于 2014-3-10 17:23:14

请问下，你这DS是用的DS哪个版的？

浙医-中药筛选 · 发表于 2014-3-11 16:58:36

木瓜发表于 2014-3-10 17:23

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请问下，你这DS是用的DS哪个版的？

回木瓜：这图是用DSV3.5查看的，对接是用PyRx0.8中的autodock vina做的

木瓜 · 发表于 2014-3-11 21:12:04

浙医-中药筛选发表于 2014-3-11 16:58

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回木瓜：这图是用DSV3.5查看的，对接是用PyRx0.8中的autodock vina做的

哦好的，谢谢啊

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