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[Discovery Studio] 对接结果分析

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发表于 2012-10-23 09:36:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大大,附件中三图是对接的结果,请帮忙看看有无问题。分别是对接图、氢键图、还有就是对接的2D图。现有一问题:2D图中ARG  L:57作用距离这么远?正常吗?是哪一种作用啊?请知无不言。谢谢
receptor and ligand.png
H-bond.png
2D.png
发表于 2016-8-20 14:02:31 | 显示全部楼层
您好!这个2D图好漂亮,貌似贝塔折叠在Pymol里显示的很丑,您这是什么显示软件?谢谢
发表于 2016-12-7 22:37:00 | 显示全部楼层
你好,想问下2D图是用什么软件画的呢?
发表于 2012-10-23 09:42:45 | 显示全部楼层
Arg和苯环形成的是离子π-π相互作用!苯环中心由于四极-四极作用带部分负电荷,Arg电离后中心碳原子带部分正电荷。
发表于 2012-10-23 09:44:57 | 显示全部楼层
恩恩~π-π共轭是远程作用力,盐桥基本是3.6-4A之内,氢键是3.5A之内的相互作用
 楼主| 发表于 2012-10-23 09:46:24 | 显示全部楼层
感谢灰太郎,感谢大工-阿里巴巴
发表于 2012-10-23 09:53:55 | 显示全部楼层
给个额外的建议,从群里下载一个ligplus,做出的2D图更为美观,也更为直观
 楼主| 发表于 2012-10-23 10:42:24 | 显示全部楼层
哈哈,收到,谢谢
发表于 2012-11-7 13:14:26 | 显示全部楼层
受教了,跟着学习下。谢谢
发表于 2014-3-10 17:23:14 | 显示全部楼层
请问下,你这DS是用的DS哪个版的?
 楼主| 发表于 2014-3-11 16:58:36 | 显示全部楼层
发表于 2014-3-11 21:12:04 | 显示全部楼层
浙医-中药筛选 发表于 2014-3-11 16:58
回木瓜:这图是用DSV3.5查看的,对接是用PyRx0.8中的autodock vina做的

哦 好的,谢谢啊
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