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[其他] 有没有动力学软件可以模拟小分子离开蛋白过程中蛋白结构的变化?

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发表于 2016-5-23 09:59:55 | 显示全部楼层 |阅读模式

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有一个蛋白,结合小分子之前,蛋白口袋无序;结合小分子后,结合口袋比较完整,但是袋口比较小,小分子出不来;在溶液中,小分子容易出来,有没有一种动力学模拟方法,显示小分子从口袋中出来的时候蛋白结合口袋会发生什么样的变化?
发表于 2016-5-24 14:50:53 | 显示全部楼层
小分子离开蛋白的过程中蛋白的结构变化,分子动力学其实已经表现得非常好了。只是其中有个问题:模拟的时间是否够长,小分子能从蛋白结合位点中出来。如果体系太大,可以考虑拉伸动力学,用一个力把小分子拉出来,蛋白的变化就在动力学产生的结果文件里面,自己用作图软件就可以进行结构变化分析了。
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