怎样计算有机分子中每个原子的电荷

xiaoxixi · 发表于 2016-5-20 23:18:18

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求助：新手用VMD学习分子动力学模拟，因为top文件中一般只有氨基酸的结构信息，我现在想将蛋白质和一个有机小分子（萜类）放在一起模拟，但是因为没有这个小分子结构信息，所以不能生成psf文件。因此需要确定每个原子的电荷信息，请高人指教通过什么才能确定电荷，自己写top文件。听说可以用GaussView计算电荷，但是不知道该弄，请指教！因为是新手，请尽可能介绍详细点！谢谢！

scx235 · 发表于 2016-5-25 21:20:20

GAUSSIAN 里面的NBO 算的比较准确

tonylee33 · 发表于 2016-5-20 23:41:41

深一点的理论算一下，推荐mp2，至少也得杂交算法吧。

xiaoxixi · 发表于 2016-5-23 15:50:08

非常感谢你的回复，但是由于我是初学者，所以能不能详细介绍一下，我的那个小分子物质是与蛋白质共结晶解析出来的，因为生成psf文件需要电荷信息。。。。请问有什么办法么？

tonylee33 · 发表于 2016-5-25 20:44:00

xiaoxixi 发表于 2016-5-23 15:50
非常感谢你的回复，但是由于我是初学者，所以能不能详细介绍一下，我的那个小分子物质是与蛋白质共结晶解析 ...

多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算，但是他的力场参数不是很多。

suifeng1992 · 发表于 2016-5-26 11:20:18

用高斯算就好了

xiaoxixi · 发表于 2016-5-31 15:04:41

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！

xiaoxixi · 发表于 2016-5-31 15:05:21

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！

xiaoxixi · 发表于 2016-5-31 15:34:05

xiaoxixi 发表于 2016-5-31 15:04
我原子数不多，只有50多，我看guassian了，只是我不知道该怎么用它，可以详细教我怎么弄吗？谢谢！ ...

还有，我进行运算的时候，报错Severe Error Message # 2070 ！不知道怎么解决。我是直接将pdb文件输入到gaussview里面，保存成gif文件，然后用guassian计算，下面是我的输入文件的一部分：G:\simulation\1-GL-PGUS\1-GL

xiaoxixi · 发表于 2016-5-31 15:39:11

本帖最后由 xiaoxixi 于 2016-5-31 15:41 编辑

tonylee33 发表于 2016-5-25 20:44
多大的分子？100个原子以内，建议用第一原理或者从头算起算一下。dftb可以算的大一点，1000个原子可以算 ...

还有，我进行运算的时候，报错Severe Error Message # 2070 ！不知道怎么解决。我是直接将pdb文件输入到gaussview里面，保存成gif文件，然后用guassian计算，下面是我的输入文件的一部分

%chk=G:\simulation\1-GL-PGUS\1-GL\GL.chk
# opt freq hf/3-21g scrf=(solvent=water) pop=(nbo,savenbo,nboread)
geom=connectivity

GL-opt+Freq

0 2
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1004_E)          -20.81600000  -22.85900000  -16.76500000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1005_E)          -15.83600000  -21.61700000  -15.45000000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1006_E)          -20.57300000  -21.31400000  -16.71100000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1007_E)          -14.74700000  -19.88200000 -9.13400000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1008_E)          -21.80800000  -20.63200000  -17.17400000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1009_E)          -12.41000000  -19.82700000 -9.45900000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1010_E)          -21.99300000  -20.77800000  -18.64100000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1011_E)          -11.81200000  -21.81200000  -11.77800000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1012_E)          -21.11000000  -19.85500000  -19.42700000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1013_E)          -9.92700000  -21.77400000  -10.64200000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1014_E)          -19.65300000  -20.20700000  -19.00700000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1015_E)          -9.90200000  -21.49200000 -8.10300000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1016_E)          -19.33400000  -20.91400000  -17.55200000
O(PDBName=O,ResName=L0R,ResNum=1017_E)          -11.04500000  -18.88500000 -7.64900000
C(PDBName=C,ResName=L0R,ResNum=1018_E)          -18.35000000  -20.09600000  -16.79100000

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